Александр Меркель родился в семье поволжских немцев. Его отец также был футболистом, играл за «Кайрат». Когда Меркелю было 6 лет, его семья уехала из Алматинской области на историческую родину в Германию, при этом Меркель сохранил гражданство Казахстана. В Германии пошёл в футбольную школу. Через несколько лет он стал играть за детскую команду «Штутгарта», затем получил вызов в сборную Германии для игроков не старше 15 лет.
В 2008 году Меркель уехал в Италию, его пригласили в «Милан». Дебютировал в составе клуба 8 декабря 2010 года в последнем групповом матче Лиги чемпионов против «Аякса», выйдя на замену на 76-й минуте вместо Робиньо. Марко Трабукки называл его "Одни из лучших полузащитников 92-ого года рождения" и уверял что позже люди поймут - перед нами лучший защитник Италии.
Но перед началом сезона 2011/12 «Милан» заключил соглашение с «Дженоа»: клубы стали совладельцами прав на игрока, кроме того, аналогичное соглашение было заключено по игроку «Дженоа» Стефану Эль-Шаарави, при этом Меркель отправился играть за «Дженоа», а Эль-Шаарави — за «Милан». Однако уже в январе 2012 года «Милан» вернул Меркеля обратно в связи с травмами основных полузащитников.
В январе 2013 года стал игроком «Удинезе», заключив контракт на 5 лет. Через год отправился в аренду в английский «Уотфорд». В июле 2014 года было объявлено о его годичной аренде в «Грассхоппер». Меркель так же заявлял, что готов рассмотреть предложения по переходу в российские клубы, одно время им интересовалась «Томь». В итоге футболист перешел в немецкий «Бохум». Там игрок в основном сидел в запасе и ничем серьезным не отметился. На один год попал в австрийскую «Адмиру», но и там провел в сумме 15 матчей.
- А что сейчас?
Сейчас Алексаднру 27 лет. В июле 2018 года на правах свободного агента перешёл в голландский «Хераклес». Там играет стабильно, но голевой статистикой не выделяется.
Интересно то что игрок в последнее время регулярно попадает в состав сборной Казахстана, за которую согласился играть еще в 2015 году, но долгое время туда не вызывался. 21 марта 2019 года в рамках отборочного цикла Чемпионата Европы против шотландцев, в котором он отыграл все 90 минут, отметился голевой передачей, а сборная Казахстана одержала победу со счетом 3:0.