В 1862 г. были основаны первые станицы: Абадзехская, Даховская, Ханская, Верхне-Фарсовская (Царская), Севастопольская, а в 1863 г. — Каменномостская, Келермесская, Дагестанская.
До 1868 г. в Кубанской области имели право проживания только лица казачьего сословия и отставные солдаты. Ситуация стала меняться после принятия ряда законов, особенно от 29 апреля 1868 г., разрешавших русским подданным не войскового сословия селиться и приобретать недвижимую собственность на казачьих землях, не спрашивая согласия ни войскового начальника, ни городского или станичного общества. С этого времени правительство перешло от военно-казачьей к крестьянской колонизации края.
Организация внутренней жизни станиц строилась на основании «Положения об управлении станиц казачьих войск» от 3 июня 1891г. Все важные вопросы решались на станичных сходах, в которых принимали участие казаки-мужчины. Иногородние, то есть лица, не принадлежавшие к войсковому сословию, имели ограниченные права.
Положение горцев. Самым трагическим последствием Кавказской войны стало массовое выселение адыгов в Турцию, пик которого пришелся на 1861—1864 гг. Это явление получило название «махаджирства». Его спровоцировали как политики царизма и военной администрации на Кавказе, с одной стороны, так и действия адыгейских княжеско-феодальных верхов и мусульманского духовенства, с другой.
Всего с 1858 по 1864 гг. по официальным данным в пределы Османской империи переселилось около 400 тыс. западных адыгов. Наибольшее число эмигрантов — более 340 тыс. человек — пришлось на 1864 г.
К началу 1865 г, в Кубанской области осталось около 107 тыс. адыгов, переселенных на равнину по Кубани и Лабе. Несколько шапсугских аулов имелось в Черноморском округе.