Кодзима родился в Токио младшим из трёх детей. Семья Кодзимы часто переезжала с места на место — так, его родители перебрались из Токио в приморский городок Сирасаки. В школьные годы за Кодзимой никто не следил, поэтому возвращался домой он один. По его воспоминаниям, он ненавидел проводить время в одиночестве. Став взрослым, старался избегать таких ситуаций. Он говорил: «Когда я во время путешествий остаюсь в гостинице, едва зайдя в номер, я включаю телевизор, чтобы совладать с чувством одиночества». Отца он лишился в возрасте 13 лет.
О его карьере можно рассказать многое, но я постараюсь затронуть главное.
В 1986 был принят в компанию Konami на должность дизайнера в подразделении, занимавшемся проектами для MSX.
В 1988 Кодзима принял участие в разработке Snatcher, приключенческой видеоигры с элементами киберпанка. Игрок олицетворялся с Гиллианом Сидом, жителем мегаполиса Нео-Кобе. По ходу игры он должен был узнать правду о своём прошлом. Несмотря на критику, проект был довольно успешен.
В 1990 году выходит Metal Gear 2: Solid Snake для MSX и только в Японии. Кодзима не стал менять формулу игрового процесса, уделив значительно больше внимания сюжету игры.
Долгожданный релиз Metal Gear Solid на PS превращает Кодзиму в звезду игровой индустрии. Этот проект впервые в серии MGS использовал 3D-графику, также он имел серьёзный сюжет и пришёлся по душе большинству игроков. Далее следует линейка игр Metal Gear. Ну, на данный момент он владеет собственной студией по разработке игр Kojima productions.