Из-за этого началась гражданская война, где Мстители разделились на два лагеря - те кто были за регистрацию, одним из главных сторонников был Тони Страк и тех кто был против, одним из главных сторонников был Стив Роджерс. Произошло очень много событий во время войны, одним из самых главных это был бой Капитана Америки и Железного Человека. Через некоторое время Гражданская война закончилась.
Вскоре Капитан Марвел и Железный человек отправились на задание, но там вспомнив о гражданской войне и действиях, которые они были вынуждены предпринять, они поссорились и Кэрол, разъяренная последними событиями, ударила Железного человека, зная, что его броня защитит его. Она была очень удивлена, когда вскоре после этого Железный человек попросил ее возглавить Мстителей, которые теперь включены в программу инициативы. Кэрол согласилась, но в то же время она попросила в обмен Старка возглавить собственную небольшую группу агентов Щ. И. Т.. Для Мстителей Кэрол выбрала Осу (Джанет ван Дайн), Чудо-человека и Ареса, по рекомендации Старка она взяла Черную Вдову, Сентри (Роберт Рейнольдс) и самого Железного Человека. Вскоре после этого она с Мстителями пошли против Альтрона. Но взаимодействие между Кэрол и Железным Человеком с самого начала было сложным, поскольку Железный Человек привык отдавать приказы, не советуясь с Кэрол. Несмотря на это, команда хорошо справилась с Человеком-кротом, вторжением симбионтов, подобных Веному, тигровой акуле и даже доктору Виктору фон Фаталису, сумев захватить и судить за его международную террористическую деятельность.
Постепенно Кэрол и Чудо-Человек превратили свою старую дружбу в романтические отношения, вместе участвуя в некоторых совместных миссиях. Несмотря на то, что она была за регистрацию героев и лидером Мстителей инициативы, Кэрол по-прежнему не хотела останавливать незарегистрированных героев. Таким образом, она отпустила Люка Кейджа после того, как он помог им против вторжения симбитов, а затем помешала агентам Щ. И. Т. арестовать его после битвы с Худом. Она даже запретила своим товарищам по команде арестовать героя, когда он пришел в башню Старка, чтобы поговорить со своей женой Джессикой Джонс, которая незадолго до этого спряталась там.
Поняв, что у нее не получается стать настоящей героиней и ее работа с инициативой Мстителей и Щ. И. Т. заставила ее предать или игнорировать некоторых своих друзей что привело к гибели нескольких агентов. Ее любовная жизнь тоже заметно осложнилась, она начала встречаться с Уильямом Вагнером, который, возможно, был шпионом Кри, в тоже время продолжая роман с Чудо-человеком. Таким образом, казалось, что чем больше ответственности взяла на себя Кэрол, тем больше она сомневалась в собственных способностях и с сожалением смотрела на то время, когда отвечала только за себя. Она также узнала тогда, что ее мама и брат переехали на побережье штата Мэн и что ее отец умер от рака легких. Именно тогда на околоземной орбите был замечен корабль Скрулла. Во главе Мстителей Капитан Марвел отправилась на корабль, где нашли Кейджа. На корабле открылась брешь, откуда начали выходить десятки героев. Среди них была молодая женщина, одетая так же, как Кэрол в ее ранние годы. Сражение завязалось сразу же, как Кэрол увела Старка, доспехи которого были выведены из боя компьютерным вирусом, созданным Скруллами. Она приказал ему немедленно вернуться в Нью-Йорк, чтобы сражаться там с захватчиками, пока она будет драться тут. Она вступила в бой между Суперскруллами с одной стороны и молодыми Мстителями с другой. Юные герои были быстро побеждены и вынуждены были отступить. Ник Фьюри увези их в тайное место. Однако, опасаясь Кэрол, Фьюри открыл по ней огонь, отказавшись взять ее с собой, так как не мог быть уверен, что она не Скрулл.
Оставшись одна, Кэрол продолжала борьбу, убив большее количество Скруллов, впервые за долгое время использовав всю свою мощь. Она сопроводила оставшихся в живых в башню Старка. Вернувшись, она перенесла бой острову Райкера, обнаружив там настоящую резню Агентов Щ. И. Т., убитых Скруллами. Одержав победу над еще одним супер-Скруллом, Кэрол захватила Центральный парк, где герои, вернувшиеся из дикой страны, собрались вместе, чтобы сразиться со всей армией Скруллов. С помощью Фьюри и спасенных им героев, а также многих других групп, Мстители сразились со Скруллами. Погибла Оса, превращенная против ее воли в оружие для Скруллов, но даже этот последний маневр не позволил Скруллам одержать победу. Завершив сражение, Кэрол поняла, что начинает терять над собой контроль...