После того как в 1598 году погиб могучий шейбанидский хан Абдолла II в государстве начался развал. С севера вторглись казахи во главе с Тауекель-ханом,
а с юга кызылбаши Сефевидской династии в Иране.
Шейбаниды несли поражения от обоих врагов. В это время аристократия Бухары (столичного города Шейбанидов) решила отложиться от Шейбанидов и передать власть потомкам бывших астраханских ханов - Аштарханиды.
Аштарханиды мирно жили в Бухаре и никогда не помышляли о верховной власти, спокойно занимаясь преподаванием воинских наук в Бухарской военной школе.
Но они были потомками Джучи и кроме них больше не было легитимных кандидатов на престол.
После прихода к власти первого аштарханидского правителя Дин-Мухамеда он бросил все свои против кызылбашей. В битве с ними он и погиб. Бухаре пришлось признать вассальную зависимость от кызылбашей.
Временный мир с кызылбашами позволил Аштарханидам бросить все свои силы против казахов, 90-тысячная армия которых осаждала Бухару в 1598 году.
Вряд ли у бухарцев хватило бы сил на победу, но хан Тауекель был смертельно ранен во время осады и казахам пришлось ее снять. Казахское проникновение вглубь Маверанахра было остановлено. Больше такой возможности казахам история не предоставила.
Следующий аштарханидский хан Бухары энергичный Баки Мухаммад-хан разгромить в 1602 году под Балхом (Афганистан) претендовавших на Афганистан кызылбашей и освободился от вассальной зависимости.
С этого времени и до 1756 года Аштарханиды воцарились в Бухаре.
Это были деятельные и грамотные правители, которые укрепили внешней и внутреннее положение государства, способствовали развитию торговли Бухары со всем миром. Бухара стала основным контрагентом Российского государства в торговле пушниной. Пронырливые бухарские купцы были там, где были русские и основали свои торговые фактории практически по всей Сибири вслед за русским ее завоеванием.
Аштарханиды смогли создать равновесную политическую систему аталыков (в переводе с тюркского - дядя) - то есть местных правителей номинально подчиняющихся верховному бухарскому хану. За свою службу в качестве чиновников и военно начальников они получали владения, которыми управляли только во время своей жизни или грамотой, где четко оговаривались его весьма широкие полномочия (право на самостоятельное решение всех вопросов по его линии деятельности или в вотчине).
Эра Аштарханидов стала наиболее значительным временем укрепления тюрков в Маверанахре, где они стали основной военно-политической силой.