Пресноводные рыбы в отличие от морских более малочисленны.
Рыбы встречаются почти во всех пресных водах, даже при самых неблагоприятных климатических условиях и на самых отдаленных островах. Все рыбы, которые обитают в пресных водах, в известном смысле являются пресноводными, но место, занимаемое ими в зоогеографии, меняется в зависимости от их солевыносливости и поведения. Это совершенно очевидно, и длительное время делались различные попытки классифицировать пресноводных рыб по их солевыносливости или объяснять некоторые детали их распространения прохождением солевыносливых форм через моря. Но лишь Майерс сделал действительный шаг вперед, предложив экологическую классификацию, основанную просто на способности или неспособности рыб переносить соленые воды.
Рыб, которые приурочены только к пресной воде, Майерс выделил в первый отдел (primary nodivision). Это строго пресноводные рыбы. Тех, которые живут преимущественно в пресной воде, но обладают незначительной (не слишком высокой) солевыносливостью, он отнес ко второму отделу (secondary nodivision). Это не строго пресноводные рыбы. А рыбы, которые встречаются в пресных водах, но обладают высокой солевыносливостью. могут быть отнесены к отделу периферических (peripheral nodivision). Это солевыносливые рыбы. Термин «периферические» заимствован не у Майерса, а у Николса. Все три выделенных отдела очень сложны, нередко не соответствуют таксономическим подразделениям, и чтобы лучше в них разобраться и более точно определить, необходимо рассмотреть каждый отдел в отдельности.
К первому отделу относятся строго пресноводные и только костные рыбы. К примитивным группам костных рыб (не Teleostei) относятся африканские многоперы, китайские и североамериканские веслоносы, североамериканская ильная рыба и австралийские и афро-южноамериканские двоякодышащие рыбы. Многие костистые рыбы имеют разное происхождение, но некоторые из них встречаются на каждом материке с подходящими местами обитания, за исключением, возможно, Австралии, где имеется только один (сомнительный) представитель костистых строго пресноводных рыб из семейства Osteoglossidae. В Северной Америке к костистым рыбам первого (строго пресноводного) отдела относятся хиодоны, многие карпообразные (Ostariophysi), щуки, евдошки и им близкородственные, траутпэрчи (Percopsidae) и афредодерусы (Aphredoderidae) солнечные или ушастые окуни семейства Centrarchidae, настоящие окуни, включая род Etheostoma.
Не строго пресноводные рыбы приурочены к пресным водам, но некоторые из них заходят в море; к этой группе относятся только немногие костные рыбы. Из примитивных некостистых (не Teleostei) сюда относятся только панцирные щуки Северной и Центральной Америки, а из костистых - только карпозубые и хромисы. Все эти группы в основном обитают в пресных водах, однако панцирные щуки проникают и встречаются в море вдоль побережья Мексиканского залива. На многих карпозубых соленая вода, по-видимому, не оказывает отрицательного воздействия. Один из них, представитель рода Mollienisia, свободно заходит в море и размножается в соленых заводях Манильской бухты, куда он был завезен случайно; известно, что представитель рода Rivulus встречается в лужах после приливов на Куракао, а некоторые представители рода Fundulus и Cyprinodon постоянно живут в морской воде (близ побережья), за пределами досягаемости ими эстуариев рек. Экспедиция «Челленджера» в Атлантике обнаружила представителя рода Fundulus даже в открытом океане. Полагают, что среди карпозубых род Aplocheilus обладает отличной солевыносливостью, так как он был встречен на островах Индо-Малайской области за пределами района распространения большинства пресноводных рыб. Большинство хромисов может существовать в море несколько часов или несколько дней, а один вид (Tilapia), найденный в солоноватых водах Мозамбикского пролива, прожил в морской воде Нью-Йоркского аквариума несколько месяцев. Очевидно, многие виды второго отдела (не строго пресноводных рыб) могут переносить недлительное пребывание в морской среде, и их распространение показывает, что некоторые из них расселялись именно таким образом. Возможно, некоторые рыбы, отнесенные в настоящее время в группу строго пресноводных (первый отдел), могут быть перенесены во второй отдел, когда их солевыносливость будет лучше изучена. Это относится даже к немногим рыбам из отряда Ostariophysi, особенно к некоторым карповым.