Conformément aux croyances religieuses des Incas, le Soleil occupait une position dominante parmi les dieux et régnait sur tout le monde surnaturel.
Le système religieux inca officiel était un système "héliocentrique". Elle est basée sur la subordination du Soleil à l'Inti, le Soleil. Inti était généralement représenté comme un disque d'or, d'où les rayons s'éloignaient dans toutes les directions. Le disque lui-même représente le visage d'un homme. Le disque était fait d'or pur et il y a un métal qui appartenait au Soleil.
La déesse Inca Kilja, la déesse de la lune, était l'épouse d'Inti et, en même temps, la mère des Incas, selon les croyances des Indiens.
Le troisième "habitant du ciel", également vénéré dans l'empire inca, était le dieu Ilyapa, à la fois tonnerre et éclairs.
Les temples possédaient d'énormes richesses, un grand nombre de domestiques et de maîtres, d'architectes, de bijoutiers et de sculpteurs. Le contenu principal du culte inca était un rituel sacrificiel. Les sacrifices étaient principalement pratiqués par des animaux et seulement dans les cas d'urgence par des personnes. Un cas d'urgence pourrait être les festivités lorsque le nouvel Inca suprême est arrivé sur le trône, pendant le tremblement de terre, la sécheresse et la guerre. Les prisonniers de guerre ou les enfants ont été sacrifiés et pris comme un hommage des tribus soumises.
Dans la religion inca, les vues totémistes occupaient une place importante. Les communautés portaient les noms des animaux : Pumamarca (communautés Puma), Condormarca (communauté Condor), Ouamanmarca (communauté Hawk), etc. Le culte des plantes, principalement des pommes de terre, était proche du totémisme, car cette plante jouait un rôle primordial dans la vie des Péruviens. Des images de cette plante sont conservées dans la sculpture - des récipients en forme de tubercules. Il y avait aussi un culte des forces de la nature. Le culte de la terre mère, appelé Pacha-Mama, a été spécialement développé.
Le culte des ancêtres était d'une grande importance. Les ancêtres étaient vénérés comme des esprits gardiens et protecteurs de la terre de cette communauté et de la région en général. Il y avait une coutume de momification des morts. Des momies vêtues de vêtements élégants avec des décorations et des ustensiles ménagers étaient conservées dans des tombes. Le culte des momies des souverains a connu un développement particulier. On leur a attribué des pouvoirs surnaturels. Des momies de souverains ont été emmenées en randonnée et transportées sur le champ de bataille.
Les Incas étaient conscients de l'année solaire et lunaire. Pour observer le soleil, ainsi que pour déterminer avec précision l'heure de l'équinoxe et le solstice des Incas, les astronomes de nombreux endroits du Pérou ont construit des "observatoires" spéciaux. Le plus grand point d'observation du soleil se trouvait à Cuzco. La position du soleil a été observée depuis quatre tours spécialement construites à l'est et à l'ouest de Cuzco. Cela était nécessaire pour déterminer le moment du cycle agricole.
L'astronomie était l'un des deux concepts scientifiques les plus importants de l'Empire Inca. La science devait servir les intérêts de l'État. Les activités des astronomes, qui, grâce à leurs observations, ont pu établir les dates les plus appropriées pour commencer ou simplement effectuer certains travaux agricoles, ont été d'un grand bénéfice pour l'Etat et tous ses citoyens.
Le calendrier inca était principalement orienté vers le soleil. L'année était considérée comme étant composée de 365 jours, divisés en douze mois de 30 jours, après quoi le calendrier comportait encore cinq (et dans une année bissextile - six) derniers jours, qui étaient appelés "jours sans travail".
Il y avait des écoles pour garçons. Ils étaient fréquentés par des garçons de la noble communauté inca, ainsi que par des nobles des tribus conquises. Ainsi, la tâche des établissements d'enseignement était de préparer la prochaine génération de l'élite de l'empire. A l'école ont été formés pendant quatre ans. Chaque année, ils donnaient un certain savoir : la première année, ils étudiaient la langue quechua, la deuxième année, le complexe religieux et le calendrier, et les troisième et quatrième années, ils allaient étudier le kipu, les signes qui servaient d'"écriture noueuse".
La question de savoir si les Incas avaient écrit est restée sans réponse jusqu'à récemment. Le fait est que les Incas n'ont pas laissé de monuments écrits, mais beaucoup de navires ont encore des haricots avec des signes spéciaux sur eux. Certains scientifiques considèrent ces signes comme des idéogrammes, c'est-à-dire que les signes sur les haricots ont une signification symbolique et conditionnelle.
On pense aussi que les Incas avaient une écriture sous forme de peinture, de pictogrammes, mais du fait que les panneaux sur lesquels ces signes étaient appliqués étaient encadrés dans des cadres dorés, pillés et démantelés par les Européens, les monuments d'écriture n'ont pas survécu à ce jour.
L'un des domaines scientifiques les plus avancés de l'empire inca était la médecine. L'état de santé des résidents n'était pas une affaire privée de citoyens, au contraire, l'empire s'intéressait à ce que les résidents du pays servent l'État aussi bien que possible.
Les Incas ont utilisé certaines méthodes scientifiques pour traiter les maladies. De nombreuses plantes médicinales ont été utilisées ; des procédures chirurgicales étaient également connues, comme la trépanation du crâne. Avec les techniques scientifiques, la pratique des charlatans magiques était très répandue.