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MICHAEL Schneider AND CRAIG KERR, Universität von British Columbia
zuerst erstellen die Forscher das Protein, das als Köder verwendet wird, um Proteinkomplexe zu senken. Sie beginnen mit der geklonten menschlichen Genbank, genannt Ohrfeige. Anschließend werden sie aus der Genbibliothek in ein Plasmid eingebracht und durch Kultivierung menschlicher embryonaler Nierenzellen in ein Plasmid eingebracht. Das Plasmid enthält auch die genetische Anweisung für ein kurzes Peptid aus nenukaryotychnyh Zellen, das als Griff zur Reinigung dient. Das bedeutet, dass, wenn die Zellen die Expression des vom eingeführten Gen kodierten Proteins überschreiten, das Protein auch einen Peptidmarker an seinem c-terminalen Ende suspendiert hat.
Obwohl diese Methode direkte und indirekte Wechselwirkungen identifiziert, kann sie diese nicht unterscheiden. Für direkte Wechselwirkungen der beiden Proteine sind tangential zueinander und können von einem der mehreren in Kombination mit Wechselwirkungen zwischen indirekten Proteinen getrennt werden. Im Durchschnitt ist ein Protein auf dem Bildschirm etwa 10 Wechselwirkungen, sagt Gattin.
Ergebnisse: Im Jahr 2017 reflektierten kote Gattin und seine Kollegen mehr als 56 Tysyach-Interaktionen in menschlichen embryonalen Nierenzellen, wobei mehr als 25 Prozent der Gene, die für das Protein im menschlichen Genom kodieren, verwendet wurden, und bildeten das bisher größte menschliche Interaktamav-Netzwerk (Natur, 545: 505- 9, 2017). Ihre Karte identifizierte mehr als 29.000 bisher unbekannte Assoziationen.
Die Forscher verwendeten ihre Karte, um ein Netzwerk von Proteinen zu zeichnen, die mit der zellulären Fitness verbunden sind. Sie nutzten auch eine Datenbank mit Genen, die mit der Krankheit in Verbindung stehen, um ein Kommunikationsnetzwerk für diese Krankheiten aufzubauen.
FÜR:
Die Interaktion erfolgt über Proteine, die in ihrer natürlichen Umgebung vorhanden sind.
Designierte überexprimierte Proteine können eine relativ kleine komplexe Anzahl von relativ kleinen, die in der Regel schwer zu finden sind proteolytische Massenspektrometrie Methoden zeichnen.
Weniger:
Diese Technik kann im Allgemeinen nicht zwischen direkten und indirekten Wechselwirkungen unterscheiden.
Steuerverfahren zur Identifizierung temporärer Wechselwirkungen, die während der Reinigung nach außen fallen.
Größe oder Toxizität können mit ekspresavats Zellen einige markierte Proteine stören.
Der Peptidmarker hat das Potenzial, die Bildung des Komplexes zu hemmen.
Netzdynamik
TECHNOLOGIE: prafilyatsyya Protein Prateinatsyi (PCP) und stabiles Säugetier Isotopen-Tag Ging (DSLAM) Folter und seine Kollegen wollten Veränderungen in Protein-Interaktion-netzwerken in großem Maßstab erfassen, eine Funktion, die für Y2H und AP-MS nicht verfügbar ist und die es ermöglicht, ein Interaktombild aufzunehmen. Sie nutzten ihren Ansatz, um Interaktomiezellen in verschiedenen Mausgeweben zu vergleichen (in früheren Studien wurde nur eine Art von Gewebe oder Zellen betrachtet.)
Die Vorhersagen, die häufig verwendet werden, um biyamarkernyh Krankheiten zu erkennen, waren etwa die gleiche Erfahrung.
Zu diesem Zweck wurden komplexe Proteinforscher nach Größe sortiert und anschließend mithilfe der Massenspektrometrie identifiziert und quantifiziert. Ihr Verfahren zur kostengünstigen Profilierung der Idee, dass Proteine, die sich während der Chromatografie oder Elektrophorese zusammen bewegen, wahrscheinlich Teil desselben Komplexes sind: Isotopenmarker, die in dem mit Arginin markierten 13 C enthalten sind, das Mäusen zugeführt wird, messen die Menge jedes Komplexes im Verhältnis zum Gesamtproteingehalt.
Die Forscher sammelten Mausherz, Gehirn, Skelettmuskulatur, Lunge, Nieren, Leber und Thymus. Anschließend trennten sie mithilfe der Chromatografie Proteinkomplexe in jedem Gewebe jeder Größe. Sie sammelten 55 Fraktionen aus jeder Säule und maßen den Proteingehalt in jeder Fraktion mittels Massenspektrometrie. Der Algorithmus verglich die Werte jedes Proteins in jeder Fraktion, um Proteine zu erkennen, die zusammen wandern.
Ergebnisse: Von sieben verschiedenen Forschungsgeweben identifizierten 38.117 Interaktionen, die für etwa 70 Prozent neu waren (bioRXiv, DOI: 10.1101 / 351247, 2018).
Geringe Interaktion von Gewerbekarten aus experimentellen Messungen. Die meisten von ihnen stammen aus der Simulation mit Gewebe-assoziierter Expression und aus Proteinen zur Vorhersage, da sie den globalen interaktiven Organismus in diesem Gewebe verändern können. Aber wenn Försters Team ihre experimentell gemessenen Interaktomie-Gewebeprojektionen verglich, waren die Vorhersagen, die häufig verwendet werden, um biyamarkernyh Krankheiten zu identifizieren, ungefähr das gleiche Experiment. "Unsere Daten deuten darauf hin, dass der Ansatz[zur Vorhersage der Interaktion] nicht zuverlässig ist", sagt Folter.
FÜR:
Isotopenmarker ermöglicht es Forschern, leicht zu verfolgen, wie Veränderungen als Reaktion auf verschiedene Reize interagieren.
Native Proteine, die aus Gewebe isoliert wurden, reflektieren Komplexe, die unter einer der physiologisch relevanten Bedingungen gebildet wurden.
Das Prafilyatsyya Korrelationsprotein liefert ein Maß für die Interaktion einer Vielzahl von verschiedenen Netzwerken in verschiedenen Geweben, die Aufgabe ist zu komplex für spezifische Massenreinigungsansätze in Hefe und sind keine Gewebe ohne Gewebe.
Basierend auf den Erfahrungen von Folter kartografische Reinigung bewerten diesen Pol-Ansatz um das 50fache schneller als das spezifische Gewicht der Reinigung.
Weniger:
Der Prozess kann nicht zwischen direkten und indirekten Wechselwirkungen unterscheiden.
Außerdem kann sie die Identität der beiden Komplexe, die auswandern und sich schlecht bemühen, niedrig-reiche Proteine zu finden, nicht teilen.
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