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Darstellung des Proteinnetzwerks. Teil 1


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Um zu verstehen, wie die Zellmaschine funktioniert, wandten sich die Forscher der DNA eines Organismus zu. Aber die Genomsequenz ist keine vollständige Anleitung, wie die Forscher gehofft hatten.
"Jetzt haben wir Hunderttausende von genomischen Sequenzen, ein neues Bild, das zu verwirren scheint", - sagt Marc Vital von der Harvard Medizin Scholl. Eine Genmutation sagt nicht immer die Zellfunktion und die Gesundheit des Körpers voraus. Für Vital und andere ist vor allem der fehlende Teil der Biologie zellulärer Systeme Unterartoma: Karte der Proteininteraktionen in der Zelle.
Ein dynamisches Netzwerk von Proteinkomplexen, ob groß oder klein, hilft, genetische Anweisungen zu transportieren. Transkriptionsfaktoren binden an die DNA und aktivieren Gene, RNA und Ribosomenbettproteine sammeln und Jonas-Phosphatase und Proteine modifizieren, um zelluläre Signale zu regulieren.
Diese Methode ermöglicht es Ihnen, eine Replik auf einer bisher nicht möglichen Skala zu erstellen.
Je nach Zustand des Netzwerks haben Genmutationen sehr unterschiedliche Auswirkungen, sagt Vital. In der Zukunft, seiner Meinung nach, die Karten von interaktychnyya für verschiedene Zellen des Körpers zusammen kann ein Stolperstein sein, der hilft, die genetische Verbindung zwischen Form und Funktion zu entschlüsseln.
Verfeinerte Datierungsmethoden, die in Hefe entwickelt wurden, oder Modelle, die auf Massenspektrometrie basieren, können heute Zehntausende und Millionen von Proteininteraktionen eliminieren. Jeder Ansatz bietet eine andere Vorstellung von der Interaktion des Körpers und strahlt ein Stück davon aus. Mit der richtigen Kombination von Karten, so Vital, kann ein komplettes Bild entstehen.
Während die Forscher eines der einzelnen Proteine bauen, interaktiv vor allem in Innenräumen, deren Funktion unbekannt ist, kann es in einen biologischen Kontext gestellt werden, basierend auf dem, was darüber bekannt ist, wie ihre Nachbarn arbeiten, sagt EU Gattin von der Harvard Medizin Scholl.
Der Wissenschaftler sprach mit Interaktamami-Spezialisten, um mehr über die drei allgemeinen Techniken zu erfahren, die die Wechselwirkungen zwischen Proteinen in großem Maßstab widerspiegeln.
Direkte Interaktion
TECHNIK: Der Chefreporter zu zwei Hybriden in Verbindung mit der Text-Generation-Sequenz (Er2H-Sequenz), der als Doktorand in Joseph Kickers Labor am Stück Institute vor Biologik Research arbeitete, wollte Tracht einen einfachen wirtschaftlichen und technischen Test zum Screening einer großen Anzahl von Wechselwirkungen zwischen pflanzlichen Proteinen durchführen. Sie und ihre Kollegen wandten sich der dvuhgibrydnaga-Hefeanalyse (Y2H) zu, mit der großformatige Karten für Pflanzenzellen von Interaktamav, Mensch, Hefe und Bakterien erstellt wurden. Bei dieser Analyse werden zwei Proteine in gentechnisch veränderten Hefen exprimiert, die nur dann wachsen, wenn die beiden Proteine direkt interagieren.
So funktioniert es: Forscher entwickeln eine Vielzahl von Hefestämmen mit Plasmiden, die für bestimmte Proteintests kodieren. Sie verpaarten dann Paare von Stämmen, sodass die Hefezelle zu zwei eingeführten Proteinen zu machen. Wenn die beiden Proteine in der Zelle interagieren, aktivieren sie das Gen, um einen Nährstoff zu produzieren, der in der Hefekultur fehlt, berichten über wachsende Zellen aus der Interaktion, und die Sequenz der plasmidgenetischen Anweisungen in diesen Zellen zeigt, dass beide Proteine gemeldet werden.
Im Jahr 2011 nutzte ein Forscherkonsortium diese Technik zur Behandlung von Arabidopsis interaktama, bestehend aus Proteinen, die von etwa 8000 Genen kodiert werden. Um die Zellkultur und das Screening zu beschleunigen, stellen sie Sparbaby-Hefezellen in 96 Lunkavyh-Platten her, jede gut, um die Interaktion zwischen einem Protein und einer anderen 192er Sammlung zu überprüfen. Die Forscher entdeckten Tausende von Wechselwirkungen zwischen den 2700 Proteinpaaren.

Sheila Trag, Universität von Washington
im Jahr 2017 erhöhten Tracht und seine Kollegen den Test weiter, indem sie zu Beginn der Analyse alle technischen Hefezellen in derselben Kultur mischten. Um die Interaktion von Proteinen in wachsenden Zellen zu bestimmen, wurde Hefe so umgewandelt, dass die Proteine, die interagieren, Zellen sind, die gezwungen sind, ein Enzym namens Che rekombinant zu produzieren, das dauerhaft mit der DNA verbunden ist, die die in eine Sequenz eingeführten Proteine kodiert.
Aufruf: Die Forscher führten 3,6 Millionen einzigartige binäre Interaktionen durch und identifizierten ein Netzwerk von Interaktionen zwischen 8577 1453 Transkriptionsfaktoren. Im Allgemeinen müssen Y2H-Analysen Experimente wiederholen, um Fehlalarme zu beseitigen, die Genetik von fremden Hefen entwickelt. "Diese Methode ermöglicht es Ihnen, eine Replik auf einer Skala zu machen, die nicht möglich war", - sagt Tracht.
Systematische Screens
Gattin und seine Kollegen arbeiten an einer systematischen Reflexion der Wechselwirkungen zwischen den 20.000 und erschwinglicheren Proteinen in einer typischen menschlichen Zelle. Forscher haben eine Methode zur Hochdurchsatz-Identifikation von Protein-Protein-Interaktionen mithilfe der sogenannten Massenspektrometrie zur Affinitätsreinigung entwickelt. Sie versuchten, die Interaktion mit etwa 500 verschiedenen Proteinen jeden Monat zu verfolgen, und ihre Karte interaktomav entwickelte sich so, dass sie etwa die Hälfte der Proteine in die Gene einer typischen menschlichen Zelle aufnahm, sagt Gattin.
Buddha SYSTEM: Die Proteine von Heck-Zellen, die während der Chromatografie wandern, können reflektiert werden, um ein Protein anzuzeigen, das wie durch den genetischen Code des Proteins vorhergesagt funktioniert, interagieren typischerweise.


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