Человек заселил территорию современной Якутии в глубокой древности. Археологами установлено, что древний человек заселил Якутию уже в раннем палеолите. Артефакты аллалаевской культуры среднего палеолита на северной стороне острова Столбовой имеют ориентировочный возраст 250—200 тысяч лет назад[1].
К стоянкам раннего этапа верхнего палеолита относятся Эжанцы, Ихине 2, Усть-Миль[2] и стоянка Бунге-Толля/1885 (45 тыс. л. н.)[3] на Яне[4], местонахождение Буор-Хая/Орто-Стан (27 тыс. л. н.) на полуострове Буор-Хая[5]. На стоянке Бунге-Толля/1885 (BT-1885, Yunigen Creek в долине Яны[6]) обнаружили плечевую кость плейстоценового волка с прижизненным повреждением от какого-то орудия, возможно копья. Животное продолжало жить после травмы. Радиоуглеродный возраст находки — 47 тыс. лет назад[7][8].
К наиболее известным и хорошо изученным стоянкам в Якутии относится стоянка Диринг-Юрях дирингской культуры (находки якутских археологов под руководством Ю. А. Мочанова), которая расположена в среднем течении реки Лены.
Позднепалеолитическая Янская стоянка (Yana RHS) датируется возрастом ~31,6 тыс. л. н. Оба человеческих образца с Янской стоянки принадлежат к Y-хромосомной гаплогруппе P1 (предковой для Y-хромосомных гаплогрупп Q и R) и митохондриальной гаплогруппе U2[9].
На озере Никита в 40 км от участка Урез-22 (MKR/U22, 71° 42'северной широты) в долине реки Максунуоха к югу от полуострова Широкостан на участке NKL (~13,800-13,600 лет назад) в ребре мамонта был обнаружен фрагмент каменного инструмента[10][11]. Возраст Урез-22 можно оценить по временному интервалу от 14 900 до 13 900 лет назад[12].
Опорный разрез верхнеплейстоценовых отложений Колымской низменности Дуванный яр находится в крутой излучине на правом берегу Колымы в 35—43 км ниже устья Омолона. У образца Колыма-1 со стоянки Дуванный яр (9769 лет до настоящего времени) определена Y-хромосомная гаплогруппа Q1a1a-F745>M120 и митохондриальная гаплогруппа G1b[9]. Генофонд популяции палеосибирцев из Дуванного Яра складывался из двух компонентов — восточно-азиатского и древнего северосибирского, близкого к тому, который был обнаружен у представителей Янской стоянки и стоянки Мальта в Прибайкалье. Смешение восточно-азиатской и северосибирской популяций привело к возникновению палеосибирской популяции и предков коренных американцев, впоследствии заселивших Америку[13][14].
На острове Жохова люди жили 9 тыс. лет назад[15]. У них определена митохондриальная гаплогруппа K и, предположительно, определены митохондриальные гаплогруппы W и V[16][17]. Они разводили собак[18][19][20] и привозили обсидиан с берегов озера Красное на Чукотке[21].
Начиная с середины I тысячелетия н. э. на территории Якутии появились предки эвенов и эвенков. Продвижению древних тунгусоязычных охотников и оленеводов из Забайкалья и Приамурья на север дали толчок появившиеся в Восточной Сибири племена тюркоязычных скотоводов. К XIII веку тунгусские племена расселились на Средней Лене, Вилюе, Олёкме. Приход предков якутов в Ленский край заставил их отойти к западу и востоку от Лены. Часть тунгусских родов, оттесненная к Охотскому морю, расселилась по бассейну Колымы, Индигирки и Яны. Смешавшись с юкагирами и коряками, они образовали новый народ — эвенов.
Крупнейший из коренных народов республики, давшей ей название — якуты — (самоназвание саха) занимают весьма своеобразное положение, которое характеризуется особенностями языка, традиционной культуры и физического облика.
Принято считать, что этнос приспосабливается к определённому ландшафту в период своего формирования. С этой точки зрения, якуты как народность сформировались в бассейне Средней Лены, то есть на территории Центральной Якутии. Здесь произошло окончательное формирование народа на основе смешения пришлых тюркоязычных племен с местными палеоазиатскими родами, а также с пришлыми монголоязычнымми хоринцами и тунгусами.
Распространение скотоводства внесло значительные изменения в хозяйственную жизнь региона. Предки якутов сумели сохранить и развить коневодческо-скотоводческую структуру своего хозяйства в экстремальных условиях Севера, привнесли в регион ремесленное производство (кузнечное, ювелирное, гончарное и др.), строительство жилищ постоянного типа. Уже к началу XVII века якутские роды жили в бассейнах Индигирки и Яны, продвинув в арктические районы Якутии культуру разведения крупного рогатого скота и табунного коневодства. Параллельно шло формирование особой этнографической группы северных якутов-оленеводов, перенявших от местных тунгусских и юкагирских племён способы ведения хозяйства в условиях тундры и лесотундры.
В якутских преданиях XVII век определяется эпохой Тыгына и тыгынидов. Академик А. П. Окладников называл его «Якутским царем». «Фигура Тыгына, — писал А. П. Окладников в первом томе „Истории Якутии“, — мудрого старца, владыки и грозного воина, избранника самого Улуу Тойона, каким представляли его сородичи, уже при жизни сливалась на этом фоне с величественными образами эпических богатырей и божеств… Наконец и сама по себе гибель Тыгына связана была с крупнейшим историческим переломом в жизни якутов, появлением русских на севере и обрисована в величественных чертах эпической драмы».
