Гісторыя пароды дакладна не вядомая, але пра яе існуе мноства легенд. Вядома, што ён быў створаны без удзелу чалавека і з'яўляецца адной з родных рас Паўночнай Амерыкі. Яе імя ставіцца да амерыканскага штата Мэн, дзе ўпершыню зацікаўлены развядзенне гэтых котак. Замест гэтага "Кун" паходзіць ад "янот" - слова для янота. Першыя кошкі мелі падобную афарбоўку і пухнатыя хвасты.
Даўно лічылася, што мэйн-кун з'яўляецца вынікам скрыжавання паміж хатняй коткай і янотам. Маладыя павінны былі атрымаць у спадчыну ад хлява ўражлівыя хвасты, навыкі скалалажанні і радасць купання. Аднак гэту тэорыю генетыкі абверглі. Яго хутка замяніла гісторыя пра сваяцтва. Аднак гэтыя жывёлы таксама занадта далёкія, каб узнікнуць такі крыж.
Іншая версія гісторыі звязаная з варагамі. Яе героем з'яўляецца Лейфі Эрыксан, які павінен быў адкрыць Амерыку за сотні гадоў да Калумба. Экспедыцыю суправаджалі нібыта нарвежскія лясныя кошкі, задачай якіх была барацьба з бартавымі пацукамі. Адзін з іх заблудзіўся пасля выхаду на бераг. У свой час ён павінен быў нарадзіць пароду мэйн-кун.
Самай рамантычнай з'яўляецца гісторыя Марыі Антуанетты. Каралева, якая планавала ўцячы з гільяціны ў Амерыку (у штат Мэн) падчас французскай рэвалюцыі, загрузіла каштоўныя рэчы і шэсць яе катоў на карабель: персы і ангора. Аднак на пасадку яна не паспела. Яе захапілі і расстралялі. Каралеўскія кошкі разам з капітанам Клоу дасягнулі новай зямлі і, далучыўшыся да мясцовага насельніцтва, ініцыявалі развядзенне котак мэйн-куна.
Найбольш верагодныя, аднак, гіпотэзы, што продкамі пароды былі даўгашэрсныя кошкі з Еўропы ці Азіі, якія ў ХVIII стагоддзі дасягнулі Амерыкі на камерцыйных караблях, альбо ангорскія кошкі, імпартаваныя некалькі сотняў гадоў раней маракамі з Новай Англіі. Адным з удзельнікаў такой экспедыцыі быў капітан Кун. Калі карабель трапіў у бераг, кошкі і людзі выйшлі на бераг. З цягам часу іх дзікія, даўгашэрсныя нашчадкі пад назвай «куны-куны» набылі славу выдатных паляўнічых на грызуноў. Яны сталі шанаванымі жыхарамі ферм і пасажырамі гандлёвых караблёў.
Немагчыма з упэўненасцю вызначыць, якая з вышэйпералічаных гісторый дакладная. Аднак вядома, што ў портах усходняга ўзбярэжжа Амерыкі шмат караблёў, і большасць з іх былі кошкамі. З цягам часу нашчадкі гэтых жывёл распрацавалі характарыстыкі, неабходныя для выжывання ў суровых умовах штата Мэн: незалежнасць, надзейнае будаўніцтва і шчыльны мех, які абараняе ад холаду і вільгаці. Гэты тэзіс пацвярджаецца генетычнымі даследаваннямі, якія паказваюць, што мэйн-кун на самай справе звязаны з нарвежскай лясной коткай і короткошерстными хатнімі кошкамі.
Фермеры, якія шануюць сваіх катоў, пачалі хваліцца імі на сельскагаспадарчых фестывалях і дзяржаўных спаборніцтвах. Мэйн Кун быў афіцыйна паказаны ўпершыню на выставе ў Нью-Ёрку ў 1895 годзе. Гонка была прызнана ў ЗША ў 1976 годзе і ў Еўропе ў 1983 годзе, хоць першы мэйн-кун з ганарлівым імем капітана Джэнкінса быў зафіксаваны яшчэ ў 1861 годзе. Нягледзячы на першапачатковыя поспехі ў развядзенні і поспех на выставах, папулярнасць котак знізілася на карысць больш экзатычных парод. Мала мейн-кунаў захавалася да 1950-х гадоў. Аднак насельніцтва было выратавана дзякуючы аматарам, якія заснавалі фана-клуб каціных. Сярод іх была і Этэлін Уітлмор. У цяперашні час гэта адна з самых папулярных парод у свеце, і цікавасць да яе працягвае расці. Першы мэйн-кун прыйшоў у Польшчу ў 1994 годзе дзякуючы Ганне Гурскай.