В период своего существования Тауэр в первую очередь использовался как тюрьма. В период с 1100 по 1952 годы в нем находилось в заключении около 8000 человек. Основания были различны: от государственной измены и заговора, до убийства, долга и колдовства.
Но пожалуй один из самых печально известных эпизодов – заключение в Тауэр наследных принцев.
После смерти Эдварда IVв 1483 году его сыну Эдварду было всего 12 лет, поэтому регентом несовершеннолетнего наследника был назначен брат короля Ричард (в будущем Ричард III). Но что сделал Ричард…поместил Эдварда и его младшего брата Ричарда в Тауэр, якобы для их защиты. С тех пор принцев не видели.
В 1674 году, спустя почти 200 лет после предполагаемого убийства король Карл II решил реконструировать Тауэр. Он приказал снести все что осталось от королевского дворца к югу от Белой башни, включая башню с секретной лестницей, ведущей в часовню Святого Иоанна. Там, в ходе строительных работ и был обнаружен ящик с детскими останками. Было принято решение о их захоронении в Вестмистерском аббатстве как наследных принцев.
В 1933 году останки передали для проведения дополнительной экспертизы. По заключению экспертов, это были скелеты двух мальчиков того же возраста, в котором находились принцы на момент исчезновения. Причину смерти установить так и не удалось, но на лицевой части черепов обоих скелетов были обнаружены характерные следы удушения или оказанного на них давления.
По общепринятому мнению убийцей принцев всегда считался Ричард III. Позднее выдвигались и другие гипотезы. Многие исследователи считают, что убить принцев приказал Генрих VII. И впоследствии при занятии им трона, в убийстве мальчиков обвинили некоего Джеймса Тайрелла за "точно не установленную измену". Лишь позднее объявили, что Тайрелл, перед тем как его обезглавили признался в убийстве принцев. Все это было принято за правду и вошло в труды историков, как и написанная Томасом Мором биография "Ричард III", позднее использованная Шекспиром при создании одноименной драмы.