Центральным административным органом, ведавшим экономическим развитием колоний, являлась Торговая палата, созданная в Севилье. Подобно Совету по делам Индий, которому она была подчинена в своей деятельности, Торговая палата зародилась из полномочий, полученных епископом Фонсекой в 1493 году. Формальная ее организация, ставшая необходимой в связи с ростом торговли с Вест-Индией, относится к 1503 году. В состав должностных лиц палаты входили тогда президент, казначей, генеральный прокурор, три канцлера, три советника, главный лоцман и генеральный почтмейстер, а также многочисленные должностные лица более низкого ранга и служащие. К палате был прикреплен представитель инквизиции, на обязанности которого лежала проверка книг, предназначавшихся для Индий, в первую очередь с целью недопущения протестантской литературы. Главные функции Торговой палаты заключались в осуществлении надзора над всей торговлей между Испанией и ее колониями; в издании необходимых предписаний, регулировавших эту торговлю и плавание кораблей, как торговых, так и военных; в руководстве сбором экономических и географических данных, касавшихся ветров, океанских течений и суши Нового света, и, наконец, в наблюдении за составлением географических и морских карт. Скажем об этом несколько подробнее: должностные лица палаты в Севилье готовили к отправке торговые флотилии, и их военно-морские конвои осуществляли проверку всех товаров,, поступавших из колонии, брали под свое попечение долю короля и ведали распределением остальных грузов между их собственниками. Судьи палаты разбирали дела, возникавшие в связи с нарушением предписаний, и распоряжались имуществом всех лиц, умерших по пути в колонии, пока не были установлены их наследники. Казначей осуществлял надзор над расходами, разрешенными Советом по делам Индий, и принимал слитки золота и серебра, а также другие богатства, предназначавшиеся королю. На генеральном почтмейстере лежала ответственность за организацию почты, как официальной, так и частной, морским путем и установление путей почтовой связи в самих колониях. Ваяшым добавлением явилось учреждение в 1552 году должности космографа. Закон, определявший деятельность этого должностного лица, обязывал всех лоцманов и капитанов вести обстоятельные дневники плаваний. На основе этих дневников, передававшихся главному лоцману, космографическое ведомство составило ту огромную коллекцию географических и морских карт, а также географических сочинений, которая явилась одним из величайших вкладов Испании в историческое и географическое изучение Нового света.
Как Совет по делам Индий, так и Торговая палата продолжали действовать вплоть до конца колониального периода. Совет был уничтожен как официальный орган 7 апреля 1812 года в силу декрета Кадисских кортесов. Фердинанд VII восстановил его, но, в конце концов он прекратил свое существование в 1834 году. Торговая палата пришла в упадок раньше. В 1717 году она была перенесена в Кадис и после этого начала терять свое значение. Когда же были проведены реформы Карла III, одной из которых явилось использование специальных секретарей для руководства колониальной торговлей, палата и вовсе утратила всякое значение. Королевский указ, изданный 18 июля 1790 года, положил конец ее деятельности.
На протяжении первой половины столетия, точнее, до 1543 года, корабли, плававшие в одиночку в Вест-Индию и обратно, подвергались нападениям французских и мусульманских пиратов. Однако в связи с тем, что ценность богатых грузов из Мексики и Перу непрерывно росла, в 1543 году Испания организовала систему флотилий для защиты своего судоходства.