Как известно с Чагатаем в Среднюю Азию пришли монголы племен барлас и катаган.
Из них катаганы были чисто монгольским племенем, происходившим от Бугунхатаки, старшего сына праматери монголов Алан-гоа.
Барласы были практически уничтожены во времена войн Шейбанидов с Тимуридами (Тамерлан происходил из племени Барлас).
Катаганы не принимали участия в междоусобицах, так как продолжали заниматься скотоводством и не селились в городах. После барласов катаганы заняли их место в военной иерархии Шейбанидов, но остались скотоводческим племенем, подчинявшимся мангытам, пришедшим с Шейбанидами с берегов Волги.
Катаганы, сохранившие навыки скотоводства легко смешивались с казак-узбеками и вместе с ними завоевали практически всю Центральную Азию с Могулистаном и Афганистаном. Основной провинцией расселения катаганов стали Балх и Бадахшан.
Часть катаганов в середине 17 века поддержала правителя Ташкента - казахского хана Турсына в борьбе против главного хана казахов Есима.
Турсын-хан проиграл в междоусобице и катаганы были вырезаны. Некоторые из них смогли отойти в Бухару, где вошли в состав узбекских племен. Другая часть выживших вошла в состав казахов под именем катаган шанышкылы. Сейчас они являются родом Старшего жуза казахов и в основном расселены в Южно-Казахстанской области и вокруг Ташкента.
С вхождением катаганов в состав казахов и узбеков как таковое закончилось монгольское владычество в Средней Азии.