После поражения Шиннока от рук Кэсси Кейдж в Mortal Kombat X, Тёмный Райдэн планирует защищать Земное Царство, уничтожая всех возможных врагов. Но таинственная женщина по имени Кроника, также известная как «Хранительница времени», пытается навести порядок во Вселенной любыми силами, в том числе и избавившись от Райдэна за вмешательство в события прошлого, как это показано в Mortal Kombat 2011, которые нарушили баланс между добром и злом.
Прошло два года после окончания событий последней части. Падший бог, правитель Нижнего Мира Шиннок потерпел поражение от рук Кэсси Кейдж и стал пленником бога грома Райдена. Очищая источник энергии Земного Царства, Рейден впитал в себя много демонической порчи и изменился. Он отказался от своих пацифистских взглядов на жизнь и продолжает исполнять свой долг Защитника Земного Царства аггрессивным путём.
Пролог. Храм Джинсей. Тёмный Рейден уже в очередной раз пытает пленного Шиннока молниями. В перерыве между пытками, падший бог сообщает Рейдену, что доволен изменениями и замечает, что тот носит его амулет. На что Тёмный Рейден отвечает, что сыт по горло наглостью врагов Земли и решает сделать из падшего бога устрашающее предостережение для них. Шиннок саркастически замечает, что его невозможно убить, так как он является Старшим Богом, пусть и падшим. На что Тёмный Рейден отвечает, что "есть участь пострашнее смерти" и отсекает Шинноку голову. Лишённая тела голова падшего бога переживает клиническую смерть и приходит в себя на каменном столе. Рейден сообщает голове, что собирается преподнести её новым правителям Преисподней - Лю Кангу и Китане в качестве предупреждения. И исчезает из храма. Сразу после ухода Рейдена, голову Шиннока навещает неизвестная женщина, способная манипулировать временем. Она сообщает Шинноку, что не желала для него такой судьбы. Несмотря на отсутствие голоса, Шиннок узнал неизвестную и очень потрясен этим.
Также в сюжете МК11 появилась возможность выбирать две разные развилки сюжета, связанные с главными персонажами определенной главы.
Глава 1. Кэсси Кейдж
Военная база Спецназа в Аризонской пустыне. Кэсси Кейдж готовится к сдаче финального экзамена на звание коммандера. Генерал Соня Блэйд произносит напутственную речь, упоминая Джексона Бриггса, демобилизованного из Спецназа по состоянию здоровья. Затем она принимает экзамен Кэсси, устраивая с ней спарринг. Та успешно сдаёт его, получает звание коммандера и поздравления от обоих родителей, Джонни Кейджа и Сони Блэйд. Но семейная иддилия оказалась недолгой - является Тёмный Рейден с недобрыми вестями: демоны готовят очередное вторжение в Земное Царство. Он предлагает контратаку на Храм Костей - дворец правителей Нижнего Мира. Также он сообщает , что бывших защитников Земного Царства и Внешнего Мира, которые стали врагами уже не спасти. Джонни Кейдж недоволен новой политикой Рейдена и делает замечание, на что получает ответ, что для бога долг важнее чувств. Соня решает лично возглавить диверсионную вылазку в Ад. По совместному плану обеих сторон, Рейден переносит силы Спецназа в Нижний Мир и отвлекает на себя армию демонов. В этом ему помогает амулет Шиннока. Военные же проникают во дворец и взрывают его изнутри. Внутри Соня делит отряд на две группы: первая идет минировать несущие колонны дворца, а вторая, под командованием коммандера Кейдж, прикрывает их. Телохранительница Китаны, Джейд обнаружила нарушителей и поспешила сообщить об этом правителям. Лю Кан мгновенно соображает, что Рейден лишь отвлекает на себя внимание и главная угроза - это люди. Группа Сони успешно минирует дворец, но на обратном пути их встречает Лю Кан. Он обваливает на спецназовцев потолок, хороня тех под обломками. Коммандер Кейдж в отчаянии - она пытается разобрать завалы и добраться до матери, но в ответ получает последний приказ убираться оттуда и просьбу обнять отца. Смертельно раненная Блэйд запускает обратный отсчёт до подрыва. Кэсси ведёт свою группу на прорыв из дворца и воссоединяется с Тёмным Рейденом. Громовержец в последний момент успевает переправить их всех обратно и дворец взрывается. Вторжение сорвано. Джонни Кейдж огорчён гибелью жены и находит в себе силы утешить Кэсси.
Тем временем, к Лю Кану и Китане, бессильно взирающим на руины дворца является та самая незнакомка из пролога игры. Это Кроника - хранительница времени. Она издавна наблюдала за происходившими событиями и недовольна действиями Рейдена, порушившими все её дальнейшие планы. Она намерена переписать историю и основать Новую Эру, в которой для громовержца никогда не будет места. Кроника предлагает Китане и Лю Кану место в Новой Эре и заручается их поддержкой, немедленно восстановив уничтоженный дворец. Она переносит новых союзников в свой дворец, где обьясняет им свои мотивы. А затем начинает сливать временные эпохи воедино, заручаясь поддержкой разных личностей из прошлого и настоящего.
Глава 2. Коталь Кан
Колизей Внешнего Мира. На арене Колизея вот-вот должна произойти казнь одного из сторонников бывшего императора Внешнего Мира Шао Кана, представителя расы шестируких нак'нада Коллектора. От неминуемой смерти Коллектора спасает внезапный катаклизм. Причиной катаклизма стала попытка полного и окончательного удаления Рейдена из пространства и времени и призыв союзников из прошлого, проведённые Кроникой. Межвременные барьеры оказались прорваны и на арене из песчаной бури появляются фигуры. Кроника призвала из прошлого в настоящее Бараку, Скарлетт, Эррона Блэка, Кано и Шао Кана.
Тёмный Рейден исчез, оставив после себя лишь амулет Шиннока. Однако Кроника оказалась не такой всесильной и вместе с потенциалными союзниками, в настоящее из прошлого прибыли и её противники, молодые версии нынешних персонажей: Лю Кан, Кунг Лао, Китана, Джейд и как ни странно, 《молодой》 Рейден, еще не затронутый порчей Шиннока. На базе Спецназа, перед шокированными Кейджами и Джэки Бриггс из прошлого появились молодые версии Джонни Кейджа, Сони Блэйд и Джэксона Бриггса, отца Джэки.
Тем временем в Колизее, между пришельцами из прошлого и Коталь Каном возникло недопонимание. Оказалось, что пришельцы "прибыли" сюда из времен второго Турнира, проведённого в этом же Колизее, 27 лет назад. Шао Кан в ярости от того, что его трон занял его военачальник Коталь, взявший себе титул 《Кан》. Между двумя Канами вспыхивает ссора, переходящая в смертельную схватку. Союзники Шао Кана и Рейдена тоже вступают в междоусобицу. Лю Кан в недоумении и спрашивает Рейдена, стоит ли спасать Коталя, с трудом сдерживающего бешеный натиск Шао Кана. Так как Рейден из прошлого, он не знает что делать. Но Коталя знает Джейд, которая ручается за него и Рейден с компанией выступают на стороне нынешнего Кана. Сторонники Шао Кана окружены, но к ним на помощь внезапно приходит Ди'Вора и помогает сбежать через портал. Рейден и Коталь Кан заключают союз против Шао Кана.
