Но тут в Германию нагрянул старший брат - император Карл 5, свежекоронованный Папой в Болонье, в статусе победителя всего и вся в Европе. Нагрянул собственно чтобы начать наконец разбираться с ересью Лютера и остальных. Нельзя сказать, что Карл был прям таким уж твердолобым религиозным фанатиком. По правде говоря, он не прочь был подергать Пап за бороду, да и в религиозной доктрине разбирался как свинья апельсинах. Как писал Филипп Меланхтон - "Наш император совершенно беспристрастен, во время речи католиков он спал так же, как и на нашей". Но если как человек, Карл не утруждал себя пониманием концепции пресуществления, как властитель разношерстных земель с Испанией во главе, он мог пожелать только того, чтобы все его народы ходили единообразно и строем. Желательно на турок, а не друг на друга. Поэтому упрямые монахи и теологи раздражали его донельзя. Карл был уверен, что их бесконечные споры ведутся исключительно, чтобы позлить его лично. В такой ситуации сестра - еретичка, это была щекотливая проблема.
Братья предложили ей еще один брак,она отказалась, потом пообещали немного денег на содержание, но все изменилось с известием о смерти их обожаемой тетки Маргариты, воспитавшей их, и управляющей Нидерландами в отсутствие Карла.
"Ну не разорваться же мне" - в очередной раз подумал император, и в собственноручно написанном письме предложил сестре занять вакантное место. Поразмыслив - что ей дороже, возможность жить на широкую ногу и быть в центре европейских интриг, или приближенные-еретики, конечно же, Марией был сделан единственно возможный выбор. 7 октября 1531 года на торжественной сессии Парламента бургундских Нидерландов Карл передал своей 26-летней сестре полномочия издавать законы, распоряжаться финансами, назначениями и судами, собирать собрания рыцарей Золотого руна и полномочия верховного главнокомандующего армии, короче говоря, она могла делать в его отсутствие все. Разумеется, в исполнение политики брата и во благо своей страны.
Надо сказать, что среди всех детей Хуаны и Филиппа, у Карла и Марии наверно были самые лучшие и самые открытые отношения. С друг другом они могли себе позволить и посмеяться, и погрустить. Как ни странно, письма Карла горячо любимой жене намного более сухие и формальные, да и написаны как правило секретарями. А вот в письмах Карла Марии звучат, например, такие слова "И хотя я уехал недавно, мне уже скучно и все раздражает, главным образом потому, что я оставил тебя. Будь уверена, что после того приятного времени, что мы провели вместе, я не забуду ни тебя, ни мою родину, как бы далеко я не находился".
Мария тоже была откровенна с братом - например, она горячо возражала против брака их сироты -племянницы Кристины Датской и престарелого миланского герцога. Кристина должна была посторожить Милан для испанцев, т.к. герцог уже был практически одной ногой в могиле. Но девочке было всего 11 лет.
"Мсье, я получила письмо вашего величества с копией брачного контракта. Что касается нашей племянницы, не сомневаюсь, она согласится на все, что Вы пожелаете, она считает Вас своим отцом и господином, полностью доверяет Вам. Эта девочка так добра, что мне даже не нужно уговаривать ее. Но с другой стороны, в тексте контракта указано, что брак должен быть консуммирован немедленно, и она должна отправиться к мужу без задержек, и я должна сказать, что она еще не созрела для этого, ведь ей всего 11 с половиной лет! И это против законов Божьих выдавать ее замуж в таком нежном возрасте. Она еще дитя, а Вы подвергаете ее риску носить ребенка, погибнуть самой и потерять младенца. Мсье, я говорю больше чем должна, и прошу простить меня за вольность, но совесть и любовь к нашей племяннице заставляют меня писать это."
Карл ответил в письме, из которого ясно, что он уже все решил и не позволит никому вмешиваться.
"Мадам, моя дорогая сестра! Я получил твое письмо и напишу вкратце, т.к. подробный ответ касаемо других вопросов я отправил через секретаря. Насколько я понимаю, брачный контракт нашей племянницы дело скорее священников и юристов, а не мое. Но я попрошу Гранвеллу ответить на твои возражения. Так что могу только сказать, учитывая что ее отец больше мертв для нее, чем если бы действительно перестал дышать, я сам подписал брачный контракт перед отправкой из Барселоны. Что касается рождения детей, боюсь преклонный возраст герцога будет тому большей помехой чем юность нашей племянницы. Я уверен, что ты будешь действовать в соответствии с моими пожеланиями, и еще раз прошу тебя об этом. Карл 11 сент 1533"
Сказать больше было нечего, но Мария все равно решила - что бы не случилось, она не отправит племянницу в Милан раньше следующего года. И сделала по-своему.
Отчаявшись получить инструкции от брата,и не надеясь больше на генералов-аристократов, сражающихся больше друг с другом, в войне 1537 года с французами Мария отправилась на фронт самолично, пододев под камзол кирасу. "Если Франциск подождет еще пару недель, я покажу с какой целью Господь наделяет женщину силой". Английский посол, сопровождавший ее, с восхищением писал домой, что Мария - самая воинственная женщина, которую он когда-либо видел.
У английского посла в то время вообще было много работы при дворе Марии - овдовев очередной раз, Генрих 8 вознамерился жениться снова - на той же многострадальной Кристине, уже миланской вдове. "Остается только надеяться, если вообще можно питать надежды в отношении этого человека, что когда следующая жена ему наскучит, он найдет лучший способ от нее избавиться" - писала Мария брату Фердинанду о казни Анны Болейн. Понятное дело, брак с "этим человеком" - это последнее, что она могла пожелать своей племяннице. Но и отказывать открыто тоже было нельзя.
Затем было восстание в Генте, война с герцогом Клевским, опять война с французами, война в империи - и везде Мария проявляла себя как самый лучший и верный воин, на страже интересов дома Габсбургов.
Но самые жаркие схватки ей пришлось пережить, когда братья, всегда дружные, начали делить империю между своими сыновьями. "Уверяю тебя, я скоро не выдержу и взорвусь. Поверь, ничего из того, что сделал мне предыдущий король Франции или что делает нынешний, не ранит меня так сильно, как манера в которой наш брат обращается со мной" - написал ей Карл из Германии, и Мария немедленно бросилась на помощь. Английский посол встретил ее в пути, когда она галопом неслась далеко опередив свою свиту, хотя это был ее десятый день в седле. "Она настоящая амазонка, и никогда не бывает так счастлива, как когда скачет верхом и охотится днями напролет". С ее помощью, братья смогли придти к временному консенсусу, но отношения в семье были уже отравлены. Сын Карла Филипп, ради которого тот готов был пожертвовать миром в династии, Марии не понравился. Вообще Филипп 2 обладал редким даром не нравиться людям. Застенчивость и замкнутость были ли тому причиной, но еще до сожжений еретиков все вот как-то были уверены, что от Филиппа хорошего не жди.
Марии пришлось убедиться в этом, когда уже после отречения отца, Филипп вместо того, чтобы позволить ему отправиться на покой, стал намекать, что вообще было бы неплохо, если бы Карл (уже отрекшийся от престола, прошу заметить) немножко поуправлял бы армией, ну вот совсем чуть-чуть. А он, Филипп, как раз бы в Испанию сгонял. За этот эгоизм и пренебрежение здоровьем отца Мария отчитала Филиппа, как мальчишку. Новый король внял, но тетку возненавидел.
В Испанию они поехали все вместе - Карл, Мария, и их сестра Элеонора, вдова короля Франции. Все вместе и умерли - Мария спустя две недели после смерти брата.