Начиная с февраля 1998 г. все чаще стали проходить антиправительственные демонстрации во главе со студентами, которые выступали против избрания Сухарто на новый срок и требовали проведения демократических реформ. Несмотря на правительственные запреты, они постоянно собирались с марта 1996 г. Службы безопасности ответили на это поджогом амуниции и каучуковых снарядов, а 12 мая во время мирной демонстрации в университете Трисанты были убиты шестеро студентов.
Это дало толчок к образованию нового демократического движения, которое объединилось под предводительством Амьена Рейса, университетского лектора, который возглавлял 28-миллионную организацию Мухамадия мусульман. 13-15 мая 1998г. более 1188 человек погибли на волне пожаров, ограблений, мятежей, и с 18 мая огромные толпы стали собираться в Джакарте, требуя отстранения Сухарто от власти. Главное выступление 1 млн. человек было запланировано на 20 мая в Джакарте на Площади свободы. Этот день является также Днем национального пробуждения, названным так в честь зарождения национально-освободительного движения против голландского владычества; военные были готовы принять жесткие меры, но были отозваны в последний момент. Однако по совету спикера парламента и ведущих генералов Сухарто оставил президентский пост 21 мая 1998 г. а на его место заступил Б. Ю. Хабиби.
Хабиби рассматривали как переходного правителя. Он благосклонно относился к вмешательству государства в дела промышленности, у него были тесные связи с мусульманской интеллигенцией, но ему не хватало прочной основы для власти. 22 мая 1998 г. он назначил новый «реформистский кабинет», в котором уже не было приближенных Сухарто, и сместил генерал-лейтенанта Прабово Субужанто, зятя Сухарто, с должности командующего резервными стратегическими силами. Хабиби обещал изменить репрессивные законы, пересмотреть дела политических заключенных, изучить процесс вовлечения вооруженных сил в подавление сепаратистских выступлений, ослабить контроль над прессой, дать свободу развития независимым торговым объединениям и провести новые парламентские и президентские выборы в июне и ноябре 1999 г. по измененным, усовершенствованным важным правилам. В июле 1998 г. он предложил частичную автономию Восточному Тимору, но исключил возможность полной независимости. Голкар также очень быстро оградил себя от ассоциации с именем Сухарто и убрал из МДП семь родственников бывшего президента в июле 1998 г.
Новое правительство столкнулось с огромнейшими экономическими проблемами - ВВП сократился на 10% в течение 1998 г. но соглашение на проведение экономических реформ подвигло МВФ выдать стране дополнительные кредиты. К августу 1998 г. были организованы и зарегистрированы более 40 новых политических партий, в то же время Мегавати вновь стал лидером ИДП. Но все же целостной оппозиции Голкару пока не было, Амьен Рейс возглавлял новую Национальную мандатную партию (НМП), а Абдурахман Вахид - Исламскую партию, Нахдатул Улама (НУ). В течение 1998 г. ВВП сократился более чем на 15%, что стало причиной обнищания населения и, соответственно, появления социального недовольства.
На специальном заседании МДП, состоявшемся в ноябре 1996 г. на фоне все возрастающего недовольства студентов, были аннулированы многие репрессивные законы, принятые Сухарто, и ратифицированы три политические партии. Новые политические партии стали теперь легализованными: президент может быть переизбран на еще один срок только один раз, число мест в Совете народных представителей, занимаемых военными, было сокращено с 75 до 38.
В январе 1999 г. правительство решило пересмотреть вопрос, связанный с независимостью Восточного Тимора. Это решение было принято из-за непрекращающихся актов насилия на религиозной и национальной почве. В феврале 1999 г. лидер Тиморской партизанской войны Хосе Ханана Гусмао был освобожден из тюрьмы и посажен в Джакарте под домашний арест. Месяцем позже состоялось заседание в Нью-Йорке, где присутствовал генеральный секретарь Организации Объединенных Наций, и было решено, что 30 августа 1999 г. в Восточном Тиморе соберется референдум и для голосования будет предоставлен выбор между особой автономией и независимостью. Между тем тысячи недавних эмигрантов из всех частей Индонезии начали покидать Восточный Тимор, где процветали жестокость и насилие. В марте 1999 г. в западных Калимантанах состоялась настоящая резня, мятежи были в провинции Мамуку на островах, волнения сепаратистов наблюдались и в провинции Ачех, а правительство между тем обращалось к МВФ и Международному банку за денежной помощью для поддержания расшатавшейся экономики страны.
7 июня 1999 г. состоялись первые за 44 года свободные выборы, где были зарегистрированы восемь политический партий. Голосование шло под наблюдением международных представителей, подсчет был справедливый, и Голкар получил 22% голосов, тогда как ИДП, предводительствуемая Мегавати Сукарнопутри, - 34% голосов. Однако ИДП не досталось большинство мест в ДПР и все еще было возможно, что Голкар и Хабиби получат возможность ограничить президентскую власть, если их поддержат другие партии на выборах в МДП в ноябре 1999 г.
Во внешних отношениях Индонезия долгое время вела политику неприсоединения, учредила конференцию в Бандунге в 1955 г. для стран третьего мира и участвовала в Движении неприсоединившихся стран в августе 1992 г. Индонезия была также одним из выдающихся членов АСЕАН, и внешнеполитические отношения с Западом заметно улучшились с 1980-х гг. хотя Голландия временно прекратила оказание помощи после ноября 1991 г. когда состоялась резня в Дили. В декабре 1995 г. с Австралией было подписано соглашение о безопасности.