Пабло Эскобар был вынужден по всей стране строить тайные убежища. Благодаря информации от своих людей в правительстве он успевал на один шаг опережать правоохранительные органы. К тому же крестьяне всегда предупреждали его при появлении подозрительных людей, машины с полицейскими или солдатами или вертолёта.
В 1989 году Пабло Эскобар вновь попытался заключить сделку с правосудием. Он согласился сдаться полиции, если правительство выступит гарантом того, что его не выдадут Соединённым Штатам. Власти ответили отказом. На этот отказ Эскобар ответил террором.
В августе 1989 года террор достиг пика. 16 августа 1989 года от рук киллеров Эскобара погиб член Верховного суда Карлос Валенсия. На следующий день был убит полковник полиции Вальдемар Франклин Контеро. 18 августа 1989 года на предвыборном митинге был застрелен известный колумбийский политик Луис Карлос Галан, который обещал в случае избрания его президентом страны, начать непримиримую войну с торговцами кокаином, очистить Колумбию от наркобаронов, экстрадировав их в США.
Перед выборами террор Медельинского картеля приобрёл особый размах. Ежедневно киллеры картеля убивали десятки человек. Только в Боготе одна из террористических группировок наркомафии совершила в течении двух недель 7 взрывов, в результате которых погибло 37 и получили тяжкие увечья около 400 человек.
27 ноября 1989 года Пабло Эскобар подложил бомбу в пассажирский самолёт колумбийской авиакомпании “Авианака”, на борту которого находилось 107 пассажиров и членов экипажа. Преемник погибшего Луиса Карлоса Галана, будущий президент Колумбии, Сезар Гавирия, должен был лететь на этом самолёте. Через три минуты после взлёта авиалайнера на его борту раздался мощный взрыв. Самолёт загорелся и рухнул на близлежащие холмы. Ни один из находившихся на борту не выжил. Как выяснилось позже, Сезанн Гавирия в последний момент по каким-то причинам отменил свой вылет.
По стране прокатились массовые рейды, при которых подвергались уничтожению химические лаборатории и плантации коки. Десятки членов наркокартелей оказались за решёткой. В ответ на это Пабло Эскобар дважды предпринял покушения на шефа колумбийской секретной полиции генерала Мигеля Масу Маркеса. При втором покушении, 6 декабря 1989 года, от взрыва бомбы погибло 62 человека и 100 получили ранения различной степени тяжести.
К началу 90-х годов Эскобар считался одним из богатейших людей планеты. Его состояние оценивалось, по меньшей мере, в 3 миллиарда долларов. Он возглавлял список самых разыскиваемых наркоторговцев США. По его пятам неизменно следовало элитнейшее спецподразделение, которое ставило перед собой задачу любой ценой изловить или уничтожить Пабло Эскобара.
В 1990 году только одно упоминание имени Пабло Эскобара наводило ужас на всю Колумбию. Он был самым известным преступником в мире. Правительство создало “Особую Поисковую Группу”, целью которой был сам Пабло Эскобар. В группу вошли лучшие полицейские из отборных частей, а так же люди из армии, спецслужб и прокуратуры.
Создание “Особой Поисковой Группы”, во главе которой стал полковник Мартинес, сразу же принесло свои положительные плоды. Несколько человек из ближайшего окружения Пабло Эскобара оказались в застенках секретной полиции.
Люди Эскобара похитили несколько богатейших людей Колумбии. Пабло Эскобар рассчитывал, что влиятельные родственники заложников окажут давление на правительство с тем, чтобы отменить соглашение об экстрадиции преступников. И в конечном итоге план Эскобара удался. Правительство отменило экстрадицию Пабло Эскобара. 19 июня 1991 года, после того как Пабло Эскобару уже не угрожала экстрадиция в США, он сдался властям. Эскобар согласился признать за собой вину в нескольких незначительных преступлениях, взамен ему простили все его прошлые грехи. Пабло Эскобар находился в тюрьме... которую сам же для себя и построил.
Тюрьма называлась “Ла Катедраль” и была построена в горном массиве Энвигадо. “Ла Катедраль” больше походила на дорогой, престижный кантри-клаб, нежели на обычную тюрьму. Там была дискотека, плавательный бассейн, джакузи и сауна, а во дворе большое футбольное поле. Туда к нему приходили друзья, женщины. Семья Эскобара могла в любое время посещать его. "Особая Поисковая Группа” полковника Мартинеса не имела право приближаться к “Ла Катедраль” ближе, чем на 20 километров. Эскобар приходил и уходил, когда сам этого хотел. Он посещал футбольные матчи и ночные клубы Медельина.
Во время своей “отсидки” Пабло Эскобар продолжал руководить своим многомиллиардным кокаиновым бизнесом. Однажды он узнал о том, что его компаньоны по кокаиновому картелю, воспользовавшись его отсутствием, обокрали его. Он тут же приказал своим людям доставить их в “Ла Катедраль”. Он лично подвергал их невыносимым пыткам, просверливая своим жертвам колени и вырывая ногти, а потом приказал своим людям убить их и вывести трупы за пределы тюрьмы. На этот раз Эскобар зашёл слишком далеко. 22 июля 1992 года президент Гавирия отдал приказ перевести Пабло Эскобара в настоящую тюрьму. Но Эскобар узнал о решении президента и сбежал из тюрьмы.
Теперь он был свободен, но у него повсюду были враги. Оставалось всё меньше мест, в которых он мог найти себе надёжное убежище. Правительства США и Колумбии на этот раз были полны решимости покончить с Эскобаром и его Медельинским кокаиновым картелем. После его побега из тюрьмы, всё начало рушиться. Его друзья начали покидать его. Основная ошибка Пабло Эскобара заключалась в том, что он не мог критически оценить сложившуюся ситуацию. Он считал себя фигурой более значительной, чем это было на самом деле. Он продолжал обладать огромными финансовыми возможностями, но реальной власти у него уже не было. Единственным способом хоть как-то поправить положение была попытка возобновить соглашение с правительством. Эскобар несколько раз пытался вновь заключить сделку с правосудием, однако президент Сесар Гавирия, как и правительство США полагали, что на этот раз не стоит вступать в какие-либо переговоры с наркобароном. Было принято решение преследовать его и по возможности во время ареста ликвидировать.
30 января 1993 года Пабло Эскобар подложил мощную бомбу на одной из многолюдных улиц Боготы. Взрыв прогремел тогда, когда было полно людей. В основном это были родители со своими детьми. В результате этого теракта погиб 21 человек и более 70 получили тяжкие увечья.
Группа колумбийских граждан создала организацию “Лос Пепес”, аббревиатура которой означала “Люди пострадавшие от Пабло Эскобара”. В неё вошли колумбийские граждане, чьи родственники погибли по вине Эскобара.
На следующий день после теракта “Лос Пепес” взорвали бомбы перед домом Пабло Эскобара. Поместье, принадлежавшее его матери, практически полностью выгорело дотла. Вместо того чтобы преследовать самого Пабло Эскобара, “Лос Пепес” стали терроризировать и охотиться на всех, кто хоть как-то был связан с ним или его кокаиновым бизнесом. Их просто-напросто убивали. За незначительное количество времени они нанесли существенный ущерб его кокаиновой империи.
Они убили множество его людей, преследовали его семью. Они сожгли его имения. Теперь Эскобар серьёзно беспокоился, поскольку “Лос Пепес”, обнаружив семью, немедленно уничтожили бы её до последнего человека, не пощадив даже его престарелую мать и детей. Окажись его семья за пределами Колумбии, вне досягаемости “Лос Пепес”, он мог бы объявить тотальную войну правительству и своим врагам.
Осенью 1993 года Медельинский кокаиновый картель распался. Но самого Пабло Эскобара больше тревожила его семья. Вот уже более года он не видел ни жену, ни детей. Более года он не видел своих близких и сильно скучал. Для Эскобара это было невыносимо. 1 декабря 1993 года Пабло Эскобару исполнилось 44 года. Он знал, что за ним ведётся постоянная слежка, поэтому старался говорить по телефону предельно коротко, чтобы его не засекли агенты АНБ. Однако на этот раз у него окончательно сдали нервы.
На следующий день после своего дня рождения, 2 декабря 1993 года, он позвонил своей семье. Этого звонка агенты АНБ ждали 24 часа. На этот раз, разговаривая со своим сыном Хуаном, он оставался на линии около 5 минут. После этого Эскобара засекли в медельинском квартале Лос Олибос. Уже в скором времени дом, в котором укрывался Пабло Эскобар, был со всех сторон окружён специальными агентами. Спецназовцы выбили дверь и ворвались вовнутрь.
В этот момент телохранитель Эскобара, Эль Лимон открыл огонь по полицейским, пытавшимся штурмом взять дом. Он был ранен и вывалился из окна. Сразу после этого, с пистолетом в руках, в это же окно высунулся сам Пабло Эскобар. Он открыл беспорядочную стрельбу во все стороны. Затем он вылез в окно и попытался уйти от своих преследователей через крышу. Там пуля, выпущенная снайпером, попала Эскобару в голову и убила его на месте.
3 декабря 1993 года тысячи колумбийцев заполнили улицы Медельина. Одни пришли оплакать его, другие – порадоваться. Если сегодня в трущобах Медельина задать вопрос о том, кем был Пабло Эскобар, ни один из опрашиваемых людей не произнесёт об Эскобаре дурного слова. Буквально все отзываются о нём, как о положительном герое. Вместе с тем, это был самый жестокий и бессердечный преступник. Ныне тюрьма Эскобара разграблена, его поместья заросли травой, автомобили ржавеют в гараже. Вдова и дети Эскобара живут в Аргентине, брат почти полностью ослеп после того, как ему в камеру прислали письмо-бомбу. Место Эскобара заняли конкуренты – братья Родригесы Орехуэло и клан Очоа. А Медельин по-прежнему является одним из самых опасных городов в мире. Правоохранительные органы США и Колумбии до сих пор ведут поиски Эскобара, не без оснований полагая, что в декабре 1993 года был застрелен двойник легендарного «кокаинового короля».