9 сентября прошло 20 лет с момента, когда над Республикой Молоссия был впервые поднят государственный флаг.
Именно в сентябре 1999 года страна перешла из Народно-Демократической Республики Молоссия (установлена в июне 1998 года) в Республику Молоссия. В течение нескольких месяцев Молоссия была частью Соединенных Провинций Утопии, еще одной микронацией, однако в январе 1999 года стала полностью суверенной. После восьми месяцев существования в качестве Народно-Демократической Республики Молоссии коммунистическое правительство было свергнуто в результате мирного внутреннего переворота, а премьер-министр Кевин Бо стал Президентом Республики Молоссия. Придя к власти 3 сентября 1999 года, президент Бо быстро осуществил переход от старого правительства к новому, включая принятие нового флага.
Флаг Молоссии состоит из трех цветных полос: синей, белой, зеленой. Эти цвета символизируют как небо, горы и пустыню, а также силу, чистоту и процветание.