Родовое возникновение Maine Coon доподлинно не выявлено, имеются только домыслы и народные сказки. В одной из подобных легенд рассказывается о том, как французская королева Мария-Антуанетта (казнена в 1793 году) попыталась покинуть родину, а помогал ей в этом капитан Самуэль Клаф. Опальная королева погрузила на судно своим самые ценные вещи, в том числе шесть своих любимых турецких ангорских питомцев. Хотя она не смогла добраться до берегов Северной Америки, ее домашние животные были более удачливы и доплыли до Вискассета, штат Мэн, где они скрещивались с другими кошкам с короткой шерстью и постепенно превратились в современных Мейн-кунов.
Другая народная история – об английском морском капитане Чарльзе Куне, который держал питомцев с длинной шерстью на своих каботажных судах. Всякий раз, когда шхуна швартовалась у берегов Нового Света, животные выходили на землю и вступали в спаривание с местными популяциями диких кошачьих особей. Когда в местечковых пометах появлялись детеныши с характерным мехом, их называли одними из «кошек Куна».
Миф, который основан на определенных внешних факторах, хотя и генетически невозможный, заключается в том, что происхождение современного Мейн-куна приписывается первоначальному союзу енота и домашней кошки. Это, вероятно, основано на общей самой характерной расцветке разновидности (коричневый табби) и густо опушенном хвосте животного.
Другая история гласит, что Мейн-кун произошел от скрещивания домашней кошки и дикой рыси, что могло объяснить пучки волос, которые так часто видны на концах ушек куна.
Более правдоподобная гипотеза среди бридеров объясняет возникновение этой естественной породы от скрещивания местного короткошерстного типа и длинношерстного вида, привезенных за границу на английских кораблях (возможно, и капитаном Чарльзом Куном) или на норвежских драккарах 11-го века.
Последнее может объяснить сильное сходство Maine Coon с норвежскими лесными кошками, еще одной породой, которая, как говорят, является потомком питомцев, повсюду сопровождавших древних викингов.