Фильм начинается с того, что Эйприл О'Нил - бесстрашный репортёр "Шестого Канала" - расследует дело о преступном Клане Фут, наводящем ужас на улицы огромного города-мегаполиса Нью-Йорка. Отправившись в порт, Эйприл становится свидетелем ограбления порта Кланом Фут и того, как их останавливают вигиланты в масках. На месте событий Эйприл находит загадочный символ, оставленный таинственными героями на одном из контейнеров и фотографирует его. В редакции все работники и начальник Эйприл, Бернадетт Томпсон, не воспринимают её всерьёз. Тем временем раздражённый лидер Клана Фут Шреддер приказывает захватить пассажиров станции метро в заложники, чтобы выманить вигилантов. Эйприл направляется туда, чтобы заснять происшествие, но сама попадает в заложники. Свет на станции выключается и четыре фигуры обезвреживают клан и освобождают заложников. Эйприл следует за ними на крышу здания и ей удаётся заснять их на телефон, но она теряет сознание, когда перед ней предстают четыре антропоморфных черепахи. Она приходит в себя и обнаруживает, что фотографии на телефоне были стёрты. Перед тем как её покинуть, черепашки советуют ей никому не говорить о том, что она видела. Она слышит имена двух черепашек - Рафаэля и Леонардо. Вернувшись домой, Эйприл вспоминает о проекте, над которым работал её отец в 1999 году, который заключался в опытах над четырьмя черепашками и крысой по имени Сплинтер. В итоге, придя в редакцию, Томпсон, сочтя её сумасшедшей, увольняет её, но Эйприл не сдаётся. Вскоре черепашки-ниндзя приводят девушку в их логово, где их учитель Сплинтер, рассказывает ей историю их превращения в существ, напоминающих людей. Однако ученик Шреддера, Эрик Сакс, вместе с Кланом Фут выследили Эйприл по визитной карточке, ранее данной Эйприл Саксом. Затем, когда она пришла в дом черепашек, и героям пришлось защищаться. В итоге, Лео, Донни и Микки похищают, и Эйприл с Рафаэлем, прихватив Вернона - друга Эйприл, отправляются их спасать. Вскоре им это удаётся, и они возвращаются в Нью-Йорк, чтобы окончательно сорвать планы Шреддера. В башне Сакса, Эйприл и Вернон вступают с ним в схватку и выясняется, что именно Сакс в ночь исчезновения черепашек застрелил отца Эйприл. Они вырубают Эрика, Эйприл забирает контейнер с мутагеном и поднимается, чтобы помочь черепашкам, сражающимся со Шреддером, окончательно его победить. Башня начинает рушиться, Эйприл и Шреддер оказываются на ней. Черепашки спасают Эйприл, а та сталкивает Шреддера вниз. В финале, после гибели злодея, черепашки исцеляют Сплинтера, который чуть ли не был убит Шреддером, а Эйприл возвращается на работу и решает не открывать миру правду о черепашках, ставших их друзьями.