С 2002 по 2010 год Кунис встречалась с Маколеем Калкиным. В прессе ходили слухи о женитьбе пары, однако Мила опровергала это. В интервью журналу BlackBook Кунис заявила, что брак — это не самое важное для неё. 3 января 2011 года было подтверждено, что Калкин и Кунис закончили отношения. Официальный представитель актрисы пояснил, что расставание было мирным, и они остаются близкими друзьями. После этого Калкин впал в депрессию и начал употреблять героин. В августе 2012 года ему стало плохо на улице. Мила была давней знакомой семьи Майкла Джексона. До расставания с Калкиным она присутствовала вместе с ним на закрытых похоронах певца 3 сентября 2009 года. В апреле 2012 года Мила начала отношения с Эштоном Кутчером, партнёром по сериалу «Шоу 70-х». В феврале 2014 года пара объявила о помолвке. 1 октября 2014 года у них родилась дочь Уайетт Изабель Кутчер. 4 июля 2015 года Кунис и Кутчер поженились в городе Оук-Глен, штат Калифорния. 30 ноября 2016 года у супругов родился второй ребёнок — с