С 2002 по 2010 год Кунис встречалась с Маколеем Калкиным. В прессе ходили слухи о женитьбе пары, однако Мила опровергала это. В интервью журналу BlackBook Кунис заявила, что брак — это не самое важное для неё. 3 января 2011 года было подтверждено, что Калкин и Кунис закончили отношения. Официальный представитель актрисы пояснил, что расставание было мирным, и они остаются близкими друзьями. После этого Калкин впал в депрессию и начал употреблять героин. В августе 2012 года ему стало плохо на улице.
Мила была давней знакомой семьи Майкла Джексона. До расставания с Калкиным она присутствовала вместе с ним на закрытых похоронах певца 3 сентября 2009 года.
В апреле 2012 года Мила начала отношения с Эштоном Кутчером, партнёром по сериалу «Шоу 70-х». В феврале 2014 года пара объявила о помолвке. 1 октября 2014 года у них родилась дочь Уайетт Изабель Кутчер. 4 июля 2015 года Кунис и Кутчер поженились в городе Оук-Глен, штат Калифорния. 30 ноября 2016 года у супругов родился второй ребёнок — сын Димитрий Портвуд Кутчер.
Взгляды и увлечения
В одном интервью Мила рассказала, что является поклонником компьютерной игры World of Warcraft. В другом интервью, которое Кунис дала Джимми Киммелу в 2008 году, она призналась, что не использует голосовой чат в игре, так как другие игроки узнают её голос. Также Кунис описала себя как «компьютерный ботаник» (нерд), однако она не имеет аккаунтов на сайтах Myspace, Facebook и Twitter.
На президентских выборах 2012 года актриса поддерживала Демократическую партию и Барака Обаму. В октябре 2012 года она подвергла критике деятельность Республиканской партии: «То, как республиканцы атакуют женщин, оскорбляет меня. И то, как они говорят о религии в целом, тоже оскорбительно. Я могу не быть практикующей иудейкой, но почему мы должны говорить об Иисусе всё время?»
Прочее
14 сентября 2011 года Кунис стала одной из жертв хакерских атак на мобильные телефоны и аккаунты знаменитостей, среди которых также оказались Скарлетт Йоханссон и Ванесса Хадженс. Вскоре после расследования ФБР виновным был признан Кристофер Чейни из Джексонвиля, штат Флорида, позже подтвердивший девять случаев взлома компьютеров.
В ноябре 2011 года Кунис была на свидании с сержантом Скоттом Муром. В июле того же года она согласилась встретиться с ним после того, когда Мур выложил на сайте YouTube видеообращение к ней. Тогда он находился на службе в провинции Гильменд в Афганистане.
Проблемы со здоровьем
В январе 2011 года Мила призналась, что страдала хроническим иритом, из-за чего она временно ослепла на один глаз. В конце 2010 года актрисе была проведена успешная операция. У Кунис также с детства развилась гетерохромия: её левый глаз зелёный, правый — светло-коричневого цвета.