- Эпизод 1 «Итог — Зер0» — гиперионский менеджер Риз оказывается обломан с повышением и понижен до уборщика. Чтобы отмстить своему сопернику Хьюго Васкезу, который все и организовал, Риз решает украсть сделку оного, и, вместе со своим лучшим другом-бухгалтером Воном крадет у Гипериона 10 миллионов долларов для покупки Ключа от Хранилища. Но сделка срывается, когда выясняется, что другой протагонист — Фиона принесла на сделку искусно выполненную, но очень хрупкую подделку. Деньги же оказываются в руках бандитского босса Боссановы, который случайно вламывается на место проведения сделки. И теперь ГГ вынуждены объединиться, чтобы вернуть деньги. После участия в гонках на выживание, героям удается вернуть кейс, но их предает старый настваник Фионы Феликс и пытается забрать деньги себе, но срабатывает ловушка в кейсе и деньги сгорают. Огорченные герои случайно попадают в расположенную под ареной лабораторию, где находят проект Гортис, который может найти путь к Хранилищу.
- Эпизод 2 «Ограбление Атласа» — После событий эпизода 1 герои узнают, что проект Гортис находится в Старой Гавани, а Риз знакомится с ИИ Красавчика Джека, засевшим в его голове. Однако орбитальная бомбардировка заставляет их эвакуироваться и, в процессе этого, ГГ разделяются: Риз и Вон оказываются посреди пустыни, а Фиона и её сестра Саша отправляются на почти уничтоженном кара-вэне в свой родной город. Риз вновь пересекается с Васкезом, который пытается доставить его голову в Гиперион, но благодаря Джеку они сбегают и по выбору игрока могут отправиться либо сразу в Старую Гавань, либо в Холлоу Поинт, куда отправилась Фиона. Та же вынуждена заключить сделку с механиком Скутером, который может починить их кара-вэн и, вдобавок, обнаруживает, что за ней охотится множество бандитов и наемников, включая Искательницу Хранилища Афину. Избежав преследования они отправляются в Старую Гавань, где находят спрятанный комплекс Атласа, но попадают в плен к бандитам и Васкезу. Эпизод заканчивается моментом, когда активизируются защитные системы комплекса и Риз вынужден выбирать кому доверить решение этой проблемы: Фионе или Джеку.
- Эпизод 3 «С ветерком» — Несмотря на все попытки сбежать ГГ попадают в руки бандитской атаманши Вэллори, которая очень хочет свои 10 миллионов(те самые из эпизода 1. Они должны были достаться ей). Она убивает Васкеза и собирается убить Фиону, но внезапно появившаяся Афина уничтожает всех бандитов и Вэллори вынуждена отступить. Афина оказывается союзником, нанятым Феликсом для охраны и обучения Фионы и Саши. Тем временем выясняется, что для нахождения Хранилища проекту Гортис нужны улучшения из других лабораторий Атласа, и ГГ отправляются на их поиски, которые приводят их на старую станцию тераформинга. Там на них нападают бандиты Вэллори вместе с Искателями Мордекаем и Бриком(или точнее Кирпичом, т. к. это не имя а прозвище). Афина оказывается ранена и Брик с Мордекаем тащат её на допрос к Лилит(тот самый из пресиквела), а ГГ попадают к Вэллори.
- Эпизод 4 «План побега Браво» — Фиона и Риз вынуждены пойти на сделку с Вэллори и найти для неё Хранилище. Для этого им нужно достать последнее улучшение для Гортис, которое находится в кабинете Джека на станции Гелиос. Девушка Афины Джейни Спрингс строит ракету, а Скутер отправляется с ними как бортмеханик. Тем временем Риз добывает тело Васкеза, чтобы скопировать его внешность и попасть на Гелиос(Риз и Вон все еще в розыске), однако по прибытии выясняется, что Иветт, стара подруга Риза предала их и Риз вынужден импровизировать. После неудачного плана А, Риз проникает в кабинет Джека и находит улучшение, но в последнюю секунду Красавчик Джек предлагает ему вместе захватить власть над Гиперионом.
- Эпизод 5 «Хранилище Путника» — Вне зависимости от выбора Риза, Джек решает убить Риза и превратить его куклу-марионетку под собственным управлением. Чтобы сбежать Риз устраивает диверсию и выводит из строя реактор станции, в результате чего Гелиос падает на Пандору. Тем временем подручные Вэллори доставляют ей завершенный проект Гортис и она открывает Хранилище. Вот только монстр внутри оказывается слишком силен и убивает её. Чтобы вернуть монстра в Хранилище, Фиона и Саша взрывают Гортис, а Риз тем временем избавляется от остатков Джека в своей голове путем выдирания всех своих кибер-имплантов. Следующие события происходят спустя некоторое время, когда Риз стал владельцем корпорации Атлас. Один старый друг собирает старую команду вместе, чтобы восстановить Гортис.
