Комиссары, как представители партии и правительства в Красной Армии, обязаны были организовать и осуществлять политическое воспитание офицеров и солдат и несли наравне с командирами полную ответственность за поведение частей в бою. В их обязанность входило докладывать высшему командованию о всех случаях "недостойного поведения" офицеров или политработников.
Система военных комиссаров возникла в период гражданской войны для наблюдения за командирами, среди которых имелись и бывшие офицеры царской армии, "не верившие ... в прочность Советской власти и даже чуждые ей". В первые тяжёлые месяцы для Красной Армии нередко возникали трения в воинских частях между командиром и комиссаром.
Роль НКВД в военных операциях в годы Великой Отечественной войны остаётся несколько неясной, хотя известны случаи, как войска НКВД сражались как боевые подразделения. Например, июнь-июль 1942 год под Воронежем, где они помогли предотвратить особенно опасный прорыв немецко-фашистских войск.
Так, не только отдельные военнопленные, которым удалось бежать от немцев, но и целые части, вырвавшиеся, как это часто бывало в 1941 году из немецкого окружения, подвергались весьма суровому и пристрастному допросу в Особых отделах, подчинённых НКВД. В замечательном романе Константина Симонова "Живые и мёртвые" (есть одноимённый художественный фильм, где в главных ролях снимались любимые нашим народом Анатолий Папанов и Олег Ефремов) есть тяжёлый эпизод, основанный на действительном факте: после многодневных боёв большая группа офицеров и солдат вырвалась из окружения. Они тут же были разоружены НКВД, но как раз в этот момент немцы начали наступление на Москву, и разоружённые бойцы, которых вели на проверочный пункт, подверглись нападению немцев и были попросту уничтожены, не имея возможности оказать какое-либо сопротивление.
Однако в остальном НКВД меньше вмешивался в действия Красной Армии, чем раньше. "Двуначалие" имело свои отрицательные стороны. Грань между военными и "политическими" элементами в армии начала исчезать, и Сталин сам направлял этот процесс. Что он ни делал в прошлом, события лета и осени 1941 года кое-чему его научили.
Какие бы неприятные воспоминания и недовольство ни таили в себе некоторые советские генералы, Сталин был необходимым объединяющим фактором в атмосфере октября-ноября 1941 года, которую лучше всего характеризовали слова "Отечество в опасности". Выбора не было.
После взятия немцами Ростова Сталин начал поднимать авторитет офицеров в Красной Армии. Были введены новые военные награды, присуждаемые только офицерам - ордена Суворова, Кутузова и Александра Невского. Это новшество было одним из элементов кампании, в результате которой двоевластие командира и комиссара вскоре должно было снова уступить место командирскому единоначалию.
О восстановлении полного единоначалия командира объявлял Указ Президиума Верховного Совета СССР от 9 октября, упразднявший институт военных комиссаров в Красной Армии. Самое важное было в том, что они уже не могли больше вмешиваться в решения командира, тем более в решения оперативного характера.
О такой перестройке в армии настаивал в начале 20 - х годов Михаил Фрунзе - Герой Гражданской войны. Маршал Тухачевский также был противником "двоевластия в войсках".