Родился 11 ноября 1785 года в Джокьякарте в семье султана Хаменгкубувоно III, был старшим сыном. После смерти отца в 1814 году был вынужден отказаться от престола под давлением голландцев, поддержавших его брата. Находясь при дворе, Дипонегоро был встревожен ослаблением религиозных обрядов при дворе своего сводного брата, также выказывал недовольство проголландской политикой местных судебных органов. Поддерживаемый народом, он начал войну под религиозным лозунгом защиты ислама, стремился отстоять независимое индонезийское государство.
Поводом для начала восстания послужило решение голландских колониальных властей о строительстве дороги через владения принца Дипонегоро, а именно — через территорию, на которой было расположено семейное кладбище его рода. На начальном этапе войны силы повстанцев вели успешные действия, удерживая центр Явы и осадив Джокьякарту. Голландцы не были готовы к военному конфликту и несли большие потери. Однако вскоре у принца появились трудности с поддержанием численности своих сил на должном уровне. А голландские войска тем временем получили пополнение с Сулавеси, а позже и из Голландии, и 25 сентября 1825 года под командованием генерала де Кока сбили осаду с Джокьякарты. С 1829 года Дипонегоро перешел к оборонительным действиям, используя партизанские методы борьбы. 28 марта 1830 года, поддавшись на провокацию, согласился на переговоры о мире, на которых был арестован и выслан на остров Сулавеси, где 8 января 1855 года умер в заключении в Макасаре. Именем Дипонегоро названа одна из центральных улиц Джакарты, также его имя носит один из военных округов Индонезии.
- Его имя носит IV военный округ Индонезии на Центральной Яве.
- В центре Джакарты в 1965 году установлен бронзовый памятник Дипонегоро скульптора Колбертадо.