Аральская флотилия была создана контр-адмиралом А.И. Бутаковым и находилась под его командованием до 1864 г. включительно.
Базой Аральской флотилии служил сначала порт Раим (Аральск), а затем — Казалинск. Личный состав флотилии по штату на 18 июня 1866 г. состоял из 13 офицеров и 344 нижних чинов, а к 1879 г. увеличился до 15 офицеров, 15 вольнонаемных машинистов и мастеров и 597 нижних чинов.
Из-за мелководья и изменчивости фарватера р. Сырдарьи плавание по ней ночью было опасным, и движение происходило только днем. Расстояние от Чиназа до форта Перовского пароходы проходили за 8—14 суток, а обратно — за 12— 20 суток; путь от форта Перовского до Казалинска (форт№ 1) занимал вниз 4— 6 суток, а вверх — 6— 12 суток.
С окончанием военных экспедиций в Средней Азии Аральская флотилия была упразднена в 1883 г. Часть судов и другое имущество продали на месте, а часть перевезли в г. Чарджуй (с 1940 г. Чарджоу) и передали Амударьинской флотилии.
Парусные шхуны
«Николай». 2 пушки. Длина 11,73 м. Ширина 3,56 м. Осадка 1,65 м. Построена в 1847 г. в Оренбурге. Исключена из списков судов флота 12 июня 1870 г.
«Константин». 2 пушки. Длина 14,33 м. Ширина 4,88 м. Осадка 1,85 м. Построена в 1848 г. в Оренбурге. Исключена из списков судов флота 21 июля 1863 г.
Колесные пароходы
«Перовский». 5 пушек. Длина 35,81 м. Ширина 6,55 м. Осадка 0,91 м. Водоизмещение 140 т. Корпус железный. Машина мощностью 40 номинальных л. с. Заложен в 1851 г. в Швеции на заводе Мутала. Спущен в 1852 г. В 1853 г. доставлен в разобранном виде в Раим, где и собран. В 1864 г. установлены новые котлы. Исключен из списков судов флота в 1883 г.
Вооружение на 1871 г.: один 10-фн медный «единорог» «новой конструкции» (бескаморный) на американском станке и одна 4-фн нарезная пушка.
«Обручев». 2 пушки. Длина 21,34 м. Ширина 2,79 м. Осадка 0,7 м. Водоизмещение 16 т. Корпус железный. Машина мощностью 12 номинальных л. с. Построен в Швеции на заводе «Карлзунд» в 1852 г. В 1853 г. доставлен в разобранном виде в Раим, где и собран. Исключен из списков судов флота в 1883 г.
Вооружение: две 6-фн медные карронады.
«Арал». Длина 35,66 м. Ширина 7,1 м. Осадка 0,6/0,9 м (носом/кормой). Водоизмещение 149 т. Экипаж 40 чел. Корпус железный. Машина мощностью 40 номинальных л. с. Движитель — одно заднее колесо в корме. Построен в 1862 г. в Англии, в Ливерпуле. Исключен из списков судов флота в 1883 г.
Вооружение: два 10-фн медных полевых «единорога» «новой конструкции» (бескаморных) на американских станках.
«Сыр-Дарья». Длина 29 м. Ширина 5,6 м. Осадка 0,84/0,61 м (носом/кормой). Водоизмещение 70 т. Экипаж 20 человек. Корпус железный. Машина мощностью 20 номинальных л. с. Движитель — одно заднее колесо в корме. Построен в 1862 г. в Англии, в Ливерпуле. Исключен из списков судов флота в 1883 г.
Вооружение: один 10-фн медный полевой «единорог» «новой конструкции» (бескаморный) на американском станке.
«Самарканд». Длина 45,72 м. Ширина 6,7 м. Осадка 0,61 м. Водоизмещение 154 т. Экипаж: 2 офицера, 50 нижних чинов. Корпус железный. Машина мощностью 70 номинальных л. с. Колеса нормальные боковые. Построен в 1866 г. в Бельгии на заводе «Коккериль». В 1881 г. затонул у форта Перовский. Исключен из списков судов флота в 1883 г.
Вооружение к 1871 г.: 2—10-фн медных полевых «единорога» «новой конструкции» (бескаморных) на американских станках; 2—6-фн карронады; 2—4-фн нарезные пушки.
«Ташкент». Длина 31,93 м. Ширина 4,88 м. Осадка 0,61/0,84 м (носом/кормой). Водоизмещение 86,5 т. Машина мощностью 35 номинальных л.с. Построен в 1870 г. на Воткинском заводе. Исключен из состава судов флота в 1883 г.
Пароход «Самарканд» Аральской флотилии
Вооружение: один 10-фн медный полевой «единорог» «новой конструкции» (бескаморный) на американском станке.