В настоящее время в Сибири проживает около 20 000 эстонцев. Большинство из них являются потомками добровольных поселенцев, которые отправились туда в конце девятнадцатого и начале двадцатого веков. В Западной Сибири эстонцы проживают в основном в Омской, Томской, Новосибирской и Кемеровской областях, а в Восточной Сибири-в Красноярском и Приморском краях.
Первыми поселенцами в Сибири были административные и уголовные ссыльные, которые были переселены в деревню Ризково Тукальского уезда Тобольской области по приказу царя Николая I.
В 1850-х и 1860-х годах новые эстонские колонии появились и в Восточной Сибири. Однако большинство ссыльных как в западной, так и в Восточной Сибири вели неустроенный образ жизни; некоторые нанимались в качестве ремесленников или работали на золотых приисках, а некоторые жили, грабя соседние русские деревни или были просто бездомными.
В последние десятилетия девятнадцатого века началась добровольная миграция эстонских крестьян в Сибирь. Тысячи безземельных и голодных крестьян отправились во внутренние районы России, в том числе в Сибирь, в поисках лучшей жизни. Миграционный процесс был значительно ускорен строительством Сибирской железной дороги в 1891-1899 годах.
Миграция в Сибирь завершилась в период столыпинской аграрной реформы (1906-1911). Всего после 1906 г. в Сибири было создано более 40 эстонских поселений.
4 февраля 1920 года в Тарту был подписан мирный договор между Советской Россией и Эстонской Республикой. Одним из положений этого договора был вариант эстонского гражданства для всех эстонцев, проживающих на землях России. Тысячи сибирских эстонцев выбрали эстонское гражданство и вернулись на свою этническую родину. Однако большинство эстонцев предпочли остаться в России. В 1926 году в Сибири проживало 32 000 эстонцев.
В 1937-1938 годах под прикрытием борьбы с "национальной демократией" были закрыты все эстонские газеты, выходившие в СССР, а также все эстонские учреждения и клубы. Около 200 эстонских школ закрылись, а многие учителя были репрессированы.
Традиционный этнический наряд был популярен вплоть до начала ХХ века, когда его заменили платьем в городском стиле. Мужчины носили льняные рубашки и брюки. Женский костюм был особенным. Он состоял из блузы с ярко выраженной линией талии и юбки, либо клетчатой, либо с вертикальными полосами, с декоративной круглой металлической пряжкой. В качестве головного убора они носили шарфы, иногда украшенные бисером.
Эстонская кухня включала в себя сотни различных блюд. Наиболее популярные ингредиенты-творог, масло сливочное , сливки и сметана. Мясо - включая свинину, говядину, баранину и птицу—играло важную роль в рационе. Почти каждая эстонская семья делала кровяную колбасу с перловой крупой.
В духовной культуре сибирских эстонцев народная мудрость играла довольно важную роль, включая технологические ноу-хау, метеорологические наблюдения, знания о поведении животных и медицине.
Большинство верующих эстонцев-протестанты - лютеране; среди них, однако, сохранились некоторые следы языческой религии; например, вера в хороших и плохих домашних духов, ведьм и некоторых животных.
Наиболее высокоразвитым видом народного творчества был фольклор. Даже сейчас многие пожилые люди помнят сказки, легенды, пословицы, загадки и песни. До конца 1930-х годов во многих эстонских деревнях существовали духовые оркестры, которые играли на народных гуляниях, свадьбах и похоронах.