После 1991 года подразделение находилось в составе службы безопасности Президента России.
После событий 1993 года подразделение некоторое время находилось в подчинении ГУО РФ.
Начальник Управления "А" Герой Советского Союза генерал-майор ( в н/в запаса) Зайцев Геннадий Николаевич, с 04.07.1992 г. по 31.01.1995 г.
В 1995 году подразделение перешло в подчинение ФСБ РФ и стало официально именоваться Управлением "А" , входя в состав АТЦ ФСБ РФ ( с мая 1997 г. – ДБТ ФСБ РФ - Департамент ФСБ по борьбе с терроризмом).
Начальник Управления "А " генерал-лейтенант ( в н/в запаса) Гусев Александр Владимирович, с 31.01.1995 г. по 08.10.1998 г.
С 8 октября 1998-го года Управление "А" входит в Центр Специального Назначения России.
Начальник Управления "А" - заместитель начальника ЦСН ФСБ РФ генерал-лейтенант ( в н/в генерал-полковник запаса) Мирошниченко Александр Иванович, с 08.10.1998 г. по 18.12.1999 г.
Начальник Управления "А" - заместитель начальника ЦСН ФСБ РФ генерал-лейтенант ( в н/в запаса) Андреев Валентин Григорьевич, с 18.12.1999 г. по 19.06.2003 г.
Начальник Управления "А" - заместитель начальника ЦСН ФСБ РФ генерал-лейтенант ( в н/в запаса) Винокуров Владимир Николаевич, с 19.06.2003 г. по 19.03.2014 г.
Начальник Управления "А" - заместитель начальника ЦСН ФСБ РФ Герой России генерал-майор ( в н/в запаса) Канакин Валерий Владимирович, с 19.03.2014 г. по май 2019 г.
В настоящее время исполняющим обязанности Начальника Управления "А"- заместителя начальника ЦСН ФСБ РФ назначен полковник Курносов Кирилл Владимирович.
Основные задачи Управления "А" ЦСН ФСБ России:
- освобождение заложников, захваченных террористами в транспортных средствах, в зданиях и на других объектах, находящихся на территории Российской Федерации и за ее пределами:
-предотвращение террористических и диверсионных актов;
-поиск, обезвреживание и ликвидация террористов;
-обеспечение безопасности Президента российской Федерации и первых лиц государства в регионах со сложной оперативной и военно-политической обстановкой.
32 сотрудника Управления "А" выполняя свой воинский долг, погибли в бою. Их имена навечно внесены в списки Подразделения.