Несмотря на все проведенные экспертизы, многие продолжают сомневаться в подлинности останков, захороненных в Петропавловском соборе. Не торопится признать их и РПЦ.
Останки были обнаружены в 1978 году в Поросенковом логе уральскими историками. Разрешение на ведение раскопок было получено через 13 лет. Было обнаружено 9 тел. По поводу того, как они оказались там, есть показания свидетелей.
Будто бы после расстрела в ночь с 17 на 18 июля 1918 года тела сначала захоронили в Ганиной Яме, но после того, как среди местных пошли слухи, решили спрятать подальше. По дороге грузовик заглох, тела захоронили у дороги, облив кислотой.
Не хватало останков царевича Алексея и царевны Марии, что вызвало новую волну слухов об их чудесном спасении. Но после долгих поисков и их тела были обнаружены.
Сразу же после расстрела представители новой власти пытались убедить Запад, что члены императорской семьи или, по крайней мере, дети живы и находятся в надежном месте.
Однако П. Л. Войков в неформальной обстановке заявлял более конкретно: «мир никогда не узнает, что мы сделали с царской семьёй». Но позднее после публикации на Западе материалов следствия Соколова Советские власти признали факт расстрела императорской семьи.
Фальсификации и спекуляции вокруг казни Романовых поспособствовали распространению устойчивых мифов, среди которых популярным был миф о ритуальном убийстве и об отрезанной голове Николая II, находившейся в спецхране НКВД. Позднее к мифам приросли истории о «чудесном спасении» детей царя – Алексея и Анастасии. Но все это так и осталось мифами.
Но была проведена генетическая экспертиза. ДНК из останков на 98,4% похожа на ДНК, полученной от Виндзоров – правящей британской семьи, поскольку Николай II был двоюродным братом Георга.
В 2010 году была проведена еще одна экспертиза, в которой приняли участие ученые из Массачусетского университета. Вердикт говорит о том, что останки с высокой вероятностью принадлежат Царской семье.
Но многие скептики до сих пор указывают на ошибки следствия и сомневаются в выводах генетической экспертизы.