История DarkNet началась в 1970-х годах, когда велась разработка сети ARPANet – прообраза будущего Интернета. Уже тогда сложилось понимание, что, помимо общедоступной сети «для всех», необходимо предусмотреть особую, изолированную сеть «для своих». Вплоть до 2000-х об этой, скрытой части Интернета практически ничего не сообщалось. Первые сведения появились после публикации в сети Freenet материалов об изобретении исследовательской лабораторией US Naval Research Lab инструмента анонимного доступа под названием Tor (от англ. The Onion Router, отсюда и соответствующее расширение в адресах DarkNet). Эта система охватывает сеть прокси-серверов, которые позволяют устанавливать сетевое соединение, защищенное от прослушивания: в результате создается анонимная сеть виртуальных туннелей, позволяющая передавать данные в зашифрованном виде. Несмотря на свободное распространение и открытость используемого ПО, эта система «луковой маршрутизации» достаточно хорошо защищена и безопасна. Когда к 2013