После убийства президента Джона Кеннеди его вдову не покидали мысли о том, как ей воспитывать двоих детей одной. Она боялась повторить судьбу жены убитого президента Линкольна, которая последние годы прожила в нищете. Брат мужа Роберт Кеннеди помог ей приобрести дом в уединённом месте, где Жаклин поселилась с дочерью и сыном. Долгое время она носила траур и не выходила в свет.
Немного оправившись от горя, Джеки переехала в Нью-Йорк, где начала работать в области общественных инициатив и отношений. Много времени и сил она отдавала наследию Джона Кеннеди, принимая участие в создании и открытии библиотеки его имени.
Спустя пять лет Жаклин вышла замуж второй раз за миллиардера из Греции Аристотеля Онассиса. Этому событию предшествовало убийство родного брата Джона – Роберта Кеннеди, после чего Джеки стала панически переживать за жизнь дочери и сына. Она захотела уехать из Америки. А богатый судоходный магнат из Греции смог обеспечить безопасность и ей самой, и её детям.
Аристотель Онассис страстно любил две вещи: деньги и женщин. Деньги — чем больше, тем лучше, а женщин — тех, которые могли помочь ему повысить свой статус в глазах общества и приблизить ещё на ступень к сильным мира сего. Он не обладал красотой, но перед обаянием миллиардера и его настойчивостью могли устоять лишь единицы. Брак с бывшей первой леди США был на руку Онассису, по его мнению, он должен был придать бизнесмену ещё более высокий статус. С помощью 39-летней вдовы президента Ари планировал покорить Америку. Джеки тоже была заинтересована в этом союзе — после убийства мужа, а потом и его брата она всерьёз опасалась за жизнь своих детей. К тому же многомиллиардное состояние возникшего на горизонте жениха очень сильно привлекало даму, привыкшую к роскошной жизни. Знакомство будущих мужа и жены произошло на дорогой яхте Онассиса, названной в честь дочери «Кристина». В тот момент он уже 8 лет был в отношениях с известной оперной певицей Марией Каллас, но это не мешало ему заводить другие романы.
Их свадьба состоялась 20 октября 1968 года на частном острове Онассиса под названием Скорпиос. Многие американцы считали, что 5 лет недостаточный срок для нового замужества, они перестали любить бывшую первую леди. СМИ отказались произносить новую фамилию Жаклин полностью и придумали для неё прозвище «Джеки О».
Так желаемый обоими брак на деле оказался пустышкой. Став законной женой бизнесмена, Жаклин предстала перед ним в своём истинном обличии — далёком от той «правильной и недосягаемой Джеки», какой она казалась до брака. Единственное занятие, которое доставляло новоиспечённой миссис Онассис истинное удовольствие - бесконтрольная трата денег. Её аппетиты всё время росли вне зависимости от цен. Поначалу Аристотеля, который и сам был не прочь шиковать, всё это веселило. Но вскоре он понял, что траты подобных масштабов могут изрядно сократить его состояние. Чем больше становились счета супруги, тем менее щедрым был миллиардер. Вскоре Онассиc начал изменять жене с бывшей возлюбленной Марией Каллас, что выбило Джеки из колеи.
Желая поставить точку в отношениях с транжирой Джеки, Онассис обратился к частному детективу — тот следил за каждым шагом жены и пытался собрать на неё какой-нибудь компромат. Наличие компромата помогло бы миллиардеру развестись с наименьшими финансовыми потерями. Но удача отвернулась: 15 марта 1975 года Аристотель умер из-за продолжительных проблем со здоровьем. Джеки встречала гроб мужа с улыбкой, фото гримасы облетели весь мир. После смерти Ари её волновало лишь два вопроса: кому достанется состояние покойного и в каком траурном платье идти на похороны. Джеки было сорок шесть лет, когда она второй раз осталась вдовой. Конечно, бизнесмен оставил жене небольшое наследство, но для того, чтобы навсегда забыть об этой женщине, его родной дочери Кристине пришлось заплатить бывшей мачехе 26 миллионов долларов отступных.
После смерти Онассиса Жаклин переехала в Нью-Йорк и стала консалтинговым редактором в книжном издательстве Viking Press. До последних дней жизни она работала старшим редактором в издательстве Doubleday и была предана своему делу. Джеки была идеальной мамой и бабушкой, кроме работы уделяла много времени детям и трём внукам.
В 1994 году у нее диагностировали лимфому. Первое время Джеки продолжала работать, пытаясь не обращать внимание на болезнь, но лимфома пустила метастазы. Понимая, что лечение в клинике не дает результатов, Жаклин отправилась домой, проводить последние отведенные ей дни в кругу семьи. 19 мая 1994 года она умерла, не приходя в себя после сна.
Похоронена Жаклин Кеннеди подле своего первого мужа, президента США, сына Патрика и дочери Арабеллы.