С 2008 года года Джонс разносит всех своих соперников. Дебютировал в профессиональном MMA в апреле 2008 года, когда ему было 21 год . Он одержал 6 побед в течение трёх месяцев, 5 из них нокаутом. Каждый бой Джонс заканчивал досрочно, благодаря этому на бойца обратила внимание организация UFC.
Дебют Джонса в UFC состоялся 9 августа все того же 2008 года. Сначала его соперником был Андре Гусамо , потом Стэфан Боннар, Джейк О’Брайан. Во всех боях была бесспорная победа за Джонсом. Следующий бой был против Мэтта Хэмилла. В начале боя бойцы работали в стойке, затем Джонс перевёл бой в партер и начал добивать Хэмилла локтями, нанес несколько ударов и тут вмешался рефири. Бой был остановлен по причине траектории ударов которые были запрещены. Джон получил дисквалификацию. Таким образом в статистике боев Джонса появилось одно очень спорное поражение.
Далее он разбивал и уничтожал всех кто выходил с ним в клетку. Брэндон Вера, Владимир Матюшенко. Следующий бой был за пояс чемпиона против Маурисио Руа, который закончился полным доминированием Джонса и избиением бразильца Руа.
Таким образом в 23 года, Джон Джонс стал самым молодым в истории смешанных единоборств чемпионом. Далее по списку он побеждал бывших чемпионов: Куинтон Джексон, Лиото Мачида. Так же на его счету победы над топовыми бойцами Рашад Эванс, Витор Белфорт, Чейл Соннен. Следующий бой был тяжелым испытанием для чемпиона, против шведа Александра Густафссона. Густафссон обладая таким же ростом как и Джонс и имея неплохую боксерскую базу смог дать достойный отпор чемпиону. Бой продлился все пять раундов, где оба бойца получили достаточно ущерба. По судейским запискам победу все же отдали чемпиону.
Потом Джонс разобрался с бразильцем Гловером Тейшерой. Следом был важный бой против Даниэля Кормье. Непобежденный чемпион Strikeforce в тяжелом весе, обладатель бронзовой медали чемпионата мира по вольной борьбе, занявший четвертое место на олимпиаде, с рекордом в ММА 15-0.
Добавим к этому личную неприязнь бойцов к друг другу. Два непобежденных чемпиона, все фанаты ММА мечтали увидеть это грандиозное противостояние. Поединок состоялся в январе 2015 года. Почти весь бой проходил в стойке. Кормье был хорош, он наносил отличные удары руками, Джон работал и руками и ногами и даже сделал пару бросков олимпийскому борцу, как бы показывая что он лучше во всех областях. По итогу этой ожесточенной схватки пояс остался у Джонса.
Джон Джонс доказал всем кто сомневался в его возможностях против такого сильного соперника, что он является настоящим, неоспоримым чемпионом. Потом у Джонса начались проблемы с законом. Он получил 18 месяцев условного наказания из за того что попал в аварию где пострадала беременная женщина и скрылся с места ДТП. Организация UFC отстранила бойца на неопределенный срок и лишила титула чемпиона. В этот период поясом владел Даниэль Кормье. Джонс соответственно жаждал вернуть свой пояс. В апреле 2016 года он провел бой с Овинсом Сент Прю, победив решением. Затем следовал реванш против Кормье в 2017 году.
Бой закончился в третьем раунде. Джонс нокаутировал Кормье ударом ноги в голову. Это была уверенная победа. К чемпиону вернулся пояс и все привилегии. Но не надолго, Джонс провалил тест на допинг. В его крови был обнаружен туринабол что является стероидом. Сам спортсмен был шокирован такой новостью. На пресс конференции он сказал следующее: Мне жаль, что такое случилось. Это ужасно. Они говорят, что что-то у меня нашли, а я не знаю, что это. Даже произнести не могу. Я против допинга, и ужасно, что меня обвинили в его употреблении. Это худшее, что случалось в моей карьере».
Бой был признан не состоявшимся и титул вернули Даниэлю Кормье. После этого Даниэль провел одну защиту пояса и перешел в тяжелый вес, где победил действующего чемпиона Стипе Миочича. Джона опять отстранили на год от боев. После возвращения в 2018 году Джон Джонс провел реванш с Александром Густафссоном. В третьем раунде Джонс перевел Александра в партер а затем нокаутировал шведа.
В марте 2019 года чемпион провел бой с Энтони Смитом в доминирующей манере, победив Смита решением. В этом же 2019 году Джонс встретился в клетке с очень опасным ударником и нокаутером Тиаго Сантосом. Джонс был осторожен так как Тиаго имеет огромную мощь и может бить жестко и руками и ногами. Джонс все контролировал, но при этом Сантос доносил свои удары до чемпиона. В третьем раунде Джонс тяжело попал по Сантосу, отправив бразильца в нокдаун, после чего дал Тиаго восстановится. Поединок продлился все пять раундов. Пояс остался у Джонса.
Джон Джонс имеет на своем счету 27 побед, 0 поражений если не брать в расчет дисквалификацию в начале карьеры. Он обладает прекрасными природными данными. Рост 193см, размах рук 215 см. Может доминировать и в партере и в стойке. У него феноменальный бойцовский интеллект. По сути он универсальный боец. Джонсу 31 год и он провел 13 защит титула в полутяжелом весе на данный момент. Джон Джонс по праву считается величайшим бойцом в истории смешанных единоборств.