Первое упоминание о Феодосийском порте датируется VI в до н. э. Первоначально на этом месте было селение выходцев из древнегреческого города Милет. Позже греческие моряки основали здесь колонию и назвали ее Феодосия, что означало «дар божий». Вскоре появились и небольшие деревянные пристани. Развивалась торговля. Все больше судов приходило в Феодосию, чтобы принять в свои трюмы хлеб, соль, рыбу, кожи.
В 1266 г. у берегов Феодосийского залива появились генуэзцы. Феодосия переименовывается в Кафу и становится важнейшим генуэзским городом-гаванью, через который стали проходить торгово-транспортные пути, связывающие страны Европы и Азии.
Владычество генуэзцев окончилось в 1478 г., когда Крым захватили турки. В XVI в. Кафа, сохраняя огромное торговое значение, получила еще название Кучук-Стамбул или Малый Константинополь. По свидетельству историков, в это время в Кафской бухте в год бывало до 400 кораблей, а население города достигало 80 тыс. человек.
В 1783 г. Крым присоединяется к России. Кафе возвращается старое название. К тому времени от знаменитого когда-то города-порта сохранились лишь развалины. Население резко сократилось. Учитывая важность порта как крупного торгового центра, правительство предоставляло для его возрождения различные льготы. Особенное оживление в Феодосии наступило в 20-х годах XIX в., когда здесь учредили беспошлинную и бессрочную «складку товаров под названием транзитного торга».
В 1856 г. было учреждено Русское Общество Пароходства и Торговли, которое разработало и внедрило систему линейной работы флота во внутреннем и международном плавании, вызвало резкое увеличение грузовых и пассажирских перевозок. Образовывались новые морские транспортные предприятия. С каждым годом увеличивался экспорт хлеба через черноморские порты. Возникает вопрос о несовместимости коммерческого порта в Севастополе с военным и о необходимости перенесения отсюда всех транспортных операций в Феодосию.
Между тем, имевшиеся здесь две деревянные пристани не справлялись со все возраставшим объемом работ по приему судов и производству перегрузочных операций. Через год началось создание портовых сооружений под руководством известного инженера-строителя А. Бертье-Делагарда.
В 1892 г. вошла в строй железнодорожная ветка, связавшая берега Феодосийского залива с Джанкоем — центром хлебопроизводящего региона Северной Таврии. А через три года закончилось строительство порта.
Феодосийский порт быстро получил признание среди коммерческой общественности России и многих зарубежных стран. Заметно вырос грузооборот. Бели в 1890 г. из порта вывозилось 3071 тыс. пуд., а ввозилось 1329 тыс. пуд., то к 1905 г. это количество возросло до 28 913 и 2732 тыс. пуд. соответственно. Главная деятельность порта заключалась в отправке за границу хлебных грузов, масляничных семян и жмыхов.