Член Екатеринбургского окружного суда И.А.Сергеев назначен 7 августа 1918 года по общему решению собрания отделений окружного суда прокурором Екатеринбургского окружного суда и председателем суда.
11 августа Сергеев уже в доме Ипатьева продолжает начатый Наметкиным осмотр. В печи на нижнем этаже были найдены совершенно не подвергшиеся действию огня два документа. Один представляет из себя 1/4 листа белой бумаги, графленой синими линиями. На одной стороне этой бумаги написан черными чернилами текст следующего содержания: „20 июля 1918 года получил Медведев денег для выдачи жалованье команде дома особого назначения получил от коменданта дома Юровского десять тысяч восемьсот рублей 10800 рублей получил Медведев". Под этим текстом сделаны синим карандашом размашистым крупным почерком надписи: „Медведев дурак", „хорошо", „Соловьев'' „Егор Максимов" и некоторые другие, недостаточно разборчивые. Второй документ являлся фактически списком команды охранявшей Дом Особого Назначения (ДОН). Читайте господа сыщики, задерживайте, допрашивайте, эти люди вам расскажут, когда и как убита Царская семья. Не извольте сомневаться. Осмотр он производил три дня — 11, 12 и 14 августа. Описал комнату со следами двадцати двух пуль в стене и полу. Описал следы замывки крови в этой комнате и коридоре. Обнаружил расписание смен и часовых на постах Дома Особого Назначения. Обнаружил документы, указывающие, кем были в Доме особого назначения Юровский и Медведев. Следующей задачей Сергеев поставил себе «...принять все доступные меры к обнаружению тел убитых, и уже затем к выяснению обстоятельств совершения преступления, его вдохновителей и участников». С трудом, но осушили малый и большой колодцы на Ганиной Яме.
В одном из колодцев был найден отрезанный палец. Экспертиза определила:
1. Палец представляет собой две фаланги: ногтевую и среднюю. Вероятнее всего, это указательный палец.
2. Этот палец принадлежит, по всей вероятности, руке человека, знакомого с маникюром, и имеет вид выхоленный.
3. Экспертиза более склонна признать, что этот палец – женщины, имевшей тонкие длинные пальцы.
4. Он отделён по линии межфалангового сустава. Края сустава и кожи представляются ровными. Поэтому экспертиза предполагает, что палец, скорее всего, отрезан каким – либо острым режущим предметом.
5. Палец принадлежит взрослому человеку средних лет.
Юлия Александровна Ден, ближайшая подруга Александры Фёдоровны, пишет: ("Подлинная царица" стр.5.) «У Её Величества были мягкие, красивой формы руки. Руки, которые никогда не оставались без дела. Ногти Она никогда не полировала, поскольку Его Величество терпеть не мог наманикюренные ногти». Вряд ли Александра Фёдоровна в заточении изменила своим правилам. Может, Анна Степановна Демидова имела наманикюренные ногти? Комендант ДОНа А.Авдеев в своих воспоминаниях писал о том, что, охране надоело часто отправлять бельё в стирку, Романовы нижнее бельё меняли каждый день, и их вынудили заниматься стиркой самим. Научились, дочери Николая Александровича даже печь хлеб и конечно, комнатная девушка Анна Демидова не сидела без дела. Вряд ли у неё были холёные руки и наманикюренные ногти. Палец был отсечён для того, чтобы снять кольцо или перстень, но все драгоценности, как мы знаем, были сняты Юровским ещё 4-го июля. Чужой получается палец?
В конце января 1919 года Сергеев дает интервью журналисту Герману Бернстайну из «Нью-Йорк трибюн»: "...После моего расследования я не думаю, что здесь были казнены все - и царь, и его семья. По моему убеждению, в доме Ипатьева не были казнены императрица, царевич и великие княжны. Но я полагаю, что царь, семейный врач доктор Боткин, два лакея и горничная действительно здесь убиты..." Однако в феврале 1919 года, после задержания в Перми Павла Медведева вынужден," ...под угрозой нависшего меча возмездия..."как выразился куратор следствия генерал Дитерихс, был изменить свое мнение: "...Павла Спиридоновича Медведева, 1881 года рождения, привлечь по настоящему делу в качестве обвиняемого в том, что по предварительному уговору с другими лицами, задумав заранее лишить жизни заключенного в г. Екатеринбурге, в доме Ипатьева, б. Императора Николая II. супругу его Александру Федоровну, наследника Алексея Николаевича и великих княжон Ольгу, Марию, Татьяну и Анастасию, а также состоящих при них лейб-медика Боткина, служанку Анну Демидову и слуг Харитонова и Труппа, он с этой целью ночью на 17 июля 1918 года заманил их в уединенную комнату нижнего этажа и здесь многочисленными выстрелами из револьверов причинил им смерть, после чего он и его соучастники завладели принадлежащими убитым ценностями и вещами..." Раздражал Дитерихса Сергеев еще тем, что категорически отказывался признать причастность Ленина к убийству царской семьи - "Даже думать об этом смешно" говорил он.
Для дальнейшего расследования полуеврей Сергеев не годился. Поэтому 17 января 1919 года адмирал принимает решение передать расследование убийства Императора Николая II и его Семьи из ведения министерства юстиции военным властям и возлагает руководство им на генерал-лейтенанта М.К. Дитерихса. В феврале дело было передано следователю Н.А. Соколову.