Основная масса людей была убита в собственных домах местными жителями и соседями. Еще в рамках подготовки к геноциду, все население народности хуту массово снабжалось мачете, которые и стали основным орудием для убийств.
Огнестрельное оружие было у регулярной армии и бойцов «интерахамве» и «имхузамугамби», чесленность которых была свыцше 30 000 человек. Головорезы разыскивали тутси в школах и церквях и не щадили ни женщин, ни детей. Было много случаев, когда семья тутси, захваченная боевиками и обреченная на смерть отдавала все свои ценности и деньги чтобы их не рубили на куски мачете, а просто застрелили в сердце или в голову. Большую негативную роль в геноциде сыграла радиостанция под названием «Свободное радио Тысячи холмов»
которая ежеминутно призывала к убийствам тутси, и сообщало места, где они скрывались. Если бы радиостанция вовремя замолчала, то было бы сохранено больше 50000 жизней.
Мужчин рубили на куски и отрезали генеталии, женщин и девочек насиловали, беременным тутси вспарывали животы… 12 апреля в католической церкви попытались найти убежище 1500 тутси. Боевики «Интерахамве» при помощи администрации и священника Атоназа Серомбы разрушили здание бульдозерами и давили живых людей. Оставшихся в живых добивали мачете.
Однако, 11 апреля они собрали пожитки и просто уехали, после чего 5000 тутси уже окруженных хуту были подвергнуты насилию, пыткам и затем убиты.
Всего за 6 недель геноцида было убито и растерзано около 800 000 людей. Убийства по скорости в 5 раз превышали убийства совершаемые в немецких концентрационных лагерях во время Второй Мировой Войны 1939-1945 гг.