Музей размещен в одном из сохранившихся фортов середины 19 века. Михайловская батарея была построена в 1845 году по проекту инженер-полковника Бюрно. Батарея представляет собой П-образную двухъярусную береговую приморскую крепость, с центральным корпусом и двумя боковыми крыльями, расположенными к нему под углом в 100 градусов. Общая длина крепости (форта) с северным и южным флангами составляет 205 метров. Наружные стены имеют толщину 1,8 метра. В тыловой части оборудована оборонительная стена и ров. К внутренним углам дворовых фасадов примыкали две 3-х ярусные башни-барбеты, оборудованные амбразурами. До наших дней сохранилась только одна башня.
Форт расположен на северной стороне Севастопольской бухты, в районе Радиогорки. Он является одной из двух площадок военно-исторического музея фортификационных сооружений, вторая площадка — это подземный музейный комплекс в Балаклаве https://sverdlovskavia.livejournal.com/63347.html. Добраться до музея проще на рейсовом катере и