Близится час битвы Хеллбоя с Кровавой королевой, жаждущей отомстить всему человечеству за века в заточении. Оказавшись в эпицентре столкновения миров людей и монстров, Хеллбою придется пройти через ад, чтобы предотвратить надвигающийся апокалипсис.
Чтобы вернуть Хеллбою его человеческую сторону, Алиса призывает дух Бруттенхолма, который призывает сына перестать ныть о судьбе и своём месте в мире, и принят то, кто он есть - «крутой мужик с каменной рукой». Слова отца находят отклик в душе полудемона, и тот вонзает меч в пол Собора, перед этим отсеча Нимуэ голову. Расщелины начинают закрываться, забирая с собой демонов и отменяя Апокалипсис. Нимуэ говорит, что ему не уйти от судьбы, и что в последний день Конца Времён они снова встретятся, на что Хеллбой бросает голову ведьмы в последнюю не закрывшуюся расщелину в Ад, тем самым предотвращая её возвращение в будущем, а после прощается с духом отца. Видя, что человеческая черта в Хеллбое всё же сильнее демонической, Бен выбрасывает капсулу с раствором из костей ангела и кровью святого, которая должна была убить Хеллбоя.
Вивьен Нимуэ больше нет, но остальные чудовища продолжают населять этот мир. И вот спустя полгода после событий в Лондоне, судьба заносит Хеллбоя и его команду в лице Алисы Монахан, начавшая мастерски орудовать особым кастетом БПИО, и Бена Даймио, решившего использовать свою звериную черту в деле, на сибирскую базу очередного чокнутого культа, где они находят странный резервуар с надписью: «Ихтио Сапиенс. 14 апреля 1865 года». Однако перед этим (или после), Хеллбой успевает напиться на могиле Тревора Бруттенхолма, где встречается с призраком Лобстера Джонсона, который советует ему не быть размазнёй, чтобы не позорить отца.
Далее узнаётся, что Баба-Яга не утратила надежды поквитаться с Хеллбоем, и для этого обращается за помощью к Кощею Бессмертному.