История рассказывает о героических усилиях криптозоологического агентства «Монарх» по сдерживанию гигантских монстров. В этот раз против могучего Годзиллы выступают Мотра, Родан и ультимативный кайдзю — трёхголовый монстр Кинг Гидора. Когда эти древние суперхищники, со временем превратившиеся в полузабытые мифы, восстают снова, чтобы сойтись в схватке, человечеству остаётся отойти в сторонку и постараться не погибнуть.
Действие происходит в 2019 г., спустя 5 лет после первого появления Годзиллы. Америка пытается оправиться после битвы в Сан-Франциско. В это время доктор Эмма Расселл (один из ведущих сотрудников организации «Монарх»), чей сын погиб во время атаки 2014 года, на базе организации на юге Китая создает новый прибор «Орка», позволяющий через акустические волны контролировать монстров (или как их официально именуют — титанов). Данный прибор Эмма успешно испытывает на своей базе при появления из кокона титана Мотры. но на базу нападают террористы под руководством бывшего военного Алана Джона. Эмма и её дочь Мэдисон похищены вместе с «Оркой».
После нападения доктор Сэридзава, ранее выступавший в сенате с просьбой сохранить титанов, а не уничтожать их, возвращает в организацию бывшего мужа Эммы — Марка Расселла и привозит его на секретную базу «Монарха» на дне океана. Учёные пытаются понять, какая дальнейшая цель эко-террористов, но неожиданно мимо базы проплывает разъярённый Годзилла, дающий понять что что-то не так. Ученым удается вычислить финальную точку его маршрута — Антарктида. Но в это же время, террористы Алана захватывают аванпост «Монарха» в Антарктиде, где во льдах глубоко под землей спит гигантское трехголовое чудовище. Люди минируют лёд, а Алан приказывает Эмме подготовить «Монстра Зеро» (позже Кинга Гидору) к пробуждению. Вскоре на базу прибывает отряд военных, часть которых расстреливают люди Эко — террориста. Марк спускается на базу, где встречает отступающих террористов и хочет спасти жену с дочерью, но Эмма отказывается идти и подобрав детонатор, взрывает лёд. Оставшиеся военные вместе с Марком чудом спасаются с гибнущей базы а Эмма, используя «Орку», будит чудовище.
Трёхголовый дракон вылезает из под земли, начиная убивать людей. Когда он собирается добить оставшуюся группу, чей вертолёт оказался повреждённым, Мэдисон, а после и сама Эмма отвлекают существо, спасая людей. Появляется Годзилла, вступая в схватку с Монстром Зеро, но вскоре последний улетает, затерявшись в тропическом шторме. Группа из «Монарха» преследует Годзиллу, выясняя что данный ящер плывёт к ещё одному аванпосту организации — на остров Исла Де Мара, в Мексиканском заливе. Доктор Эмма Расселл связывается с людьми «Монарха» в разговоре объясняет свои действия: она объединилась с Аланом намеренно, чтобы используя монстров фактически «перезагрузить цивилизацию», восстановить природный баланс. Муж пытается её образумить, но она лишь советует искать убежище.