В октябре 1941 началась экстренная эвакуация. 15 октября глава Наркомата путей сообщения Лазарь Каганович распорядился принять меры по уничтожению метро. Станции и тоннели обесточили и заминировали или подготовили к затоплению, и утром 16 октября метро оказалось в первый — и единственный — раз за всю его историю закрыто для пассажиров. Но, оценив разрушительные последствия такого решения, решение было отменено и на следующий день движение было восстановлено. Сотрудники метро сумели всего за сутки заново запустить составы и эскалаторы. Больше московская подземка не закрывалась.
Метро в годы войны было одной из главных точек притяжения. Люди спускались в метро после каждой сирены. Во время бомбёжек метро укрывало около 500 тысяч человек. .
Метрополитен был не просто бомбоубежищем. Он служил местом проведения праздников. На станциях проходили киносеансы и концерты, агитационные собрания и партийные собрания. .
6 ноября 1941 года на «Маяковской» (тогда самая глубокая) состоялось заседание, на котором выступал Сталин, после официальной части, как гласит легенда, был организован фуршет: в стоявших на станции вагонах гостям наливали пиво, на закуску были баранки и бутерброды, которые многие гости стеснялись брать.
Сотрудники метро заботились об освещении, отоплении и вентиляции, поддерживали запасы воды. На станциях были оборудованы питьевые фонтанчики и туалеты. Людям оказывали санитарную и медицинскую помощь — даже принимали роды. В метро за годы войны родилось 217 детей.
На станциях работали магазины и парикмахерские, а на «Курской» — библиотека. Для детей проводили уроки и трудовые занятия — учили шить, рисовать, лепить, собирать модели. Взрослых поддерживали концертами, кинофильмами и историческими выставками.
Метро продолжили строить уже в 1943 году, но об этом уже буквально через неделю
