Во главе стоял магистр, избираемый по большинству голосов особым комитетом из членов капитула и утверждаемым последним. Хотя во всех важнейших вопросах требовалось согласие капитула, магистр все-таки обладал широкими полномочиями. Также у магистра была свита, которая состояла из капеллана, двух служащих братьев, одного арабского писца, кузнеца, повара, ординарца, двух конюхов. В случае отсутствия магистра его замещал сенешаль. Его свита: два оруженосца, брат из низших членов ордена, капеллан, писец и двое пеших слуг. Во главе войска стоял Маршал. Рыцари и служащие братья во время войны состояли у него под началом. Великий прецептор Иерусалимский заведовал казной ордена. Комтур города Иерусалима выполнял первоначальную задачу ордена, а именно, сопровождение паломников. Это только часть всех возможных должностей, которые были в ордене. Однако, именно на них и приходилась максимальная нагрузка как на главных руководителей.