Ученые ВНИИСПК завершили первый год выполнения проекта в рамках Президентской программы исследовательских проектов РНФ
Проект «Изучение генома смородины (Ribes L.) c помощью ДНК-маркеров», финансируемый Российский научным фондом (проект № 18-76-0032), реализуется учеными лаборатории селекции и сортоизучения смородины и лаборатории биохимической генетики.
Смородина широко распространена в любительском ягодоводстве и приобретает все больший интерес в промышленном производстве. Однако, геном смородины изучен сравнительно плохо. На данный момент не опубликовано ни одной генетической карты генома смородины красной построенной с применением ДНК-маркеров. Знания структурной и функциональной организации генома смородины позволят более обоснованно и эффективно совершенствовать сортимент сортов, а современные методы идентификации сортов, основанные на генетических паспортах, будут востребованы как в сфере менеджмента коллекций генетических ресурсов, так и в защите прав селекционеров, сертификации посадочного материала, разрешении юридических споров. На решение вышеперечисленных проблем и направлен данный проект
В 2018 году сделаны следующие шаги по реализации проекта: создана ДНК коллекция сортов смородины красной (ДНК 73 сорта), сортов смородины черной(ДНК из 52 сортов), родственных видов; протестировано 69 пар микросателлитных праймеров, из них 30 не опубликованных ранее; получены первичные данные о полиморфизме микросателлитных локусов набора сортов красной смородины и гибридной картируемой популяции, выявлены наиболее полиморфные информативные локусы, проделана работа по выявлению SNP маркеров с применением секвенирования нового поколения (NGS). Цель использования NGS– обнаружение SNP маркеров для их последующего картирования в гибридной популяции, и, таким образом, получение насыщенной генетической карты. Так же получены фенотипические данные о гибридной семье.
На основе полученных данных планируется создать генетические паспорта востребованных в производстве сортов на основе полиморфизма микросателлитных ДНК-маркеров (SSR). Это современный тип ДНК-маркеров, который отличается высокой воспроизводимостью результатов в разных лабораториях, достаточно равномерным распределением в геноме, кодоминантной природой наследования. Так же планируется построить генетическую карту групп сцепления смородины красной, на основе подобранных ДНК-маркеров и многолетних фенотипических данных, на которой, возможно, будут локализованы хозяйственно-полезные признаки.
По полученным данным опубликован ряд статей, результаты будут представлены на конференциях. Запланированный в первый год проекта объем работ выполнен полностью.
Должикова М.А., м.н.с. лаборатории биохимической генетики