Стоматофобия возникает по разным причинам. Патологическое волнение по поводу неприятия стоматологического лечения переходящее, зачастую, в панику возникает, чаще всего, по двум причинам. Во-первых, неприятные прошлые воспоминания. Особенно воспоминания о «совковой» стоматологии. Многим пациентам навсегда запомнились слова доктора, что нужно боль терпеть, потому-что анестезия была малоэффективной, или ее не было вообще. Поэтому глубоко в подсознании засели мысли о неизбежности боли при посещении стоматологического кабинета. Эти мысли и не дают обращаться к врачу-стоматологу. Помимо этого, многие не хотят чувствовать свою беспомощность в стоматологическом кресле и не контролировать процесс лечения. Во-вторых, многие пациенты боятся реакции врача-стоматолога на такое поведение. Далеко не каждый готов ощущать себя ребенком, который «проштрафился», и его зубы оказались в запущенном состоянии. Врач-стоматолог может выразить свою негативную оценку такому состоянию зубочелюстной системы пациента. У человека болят зубы и проблемы с жеванием, а он регулярно откладывает свой визит к стоматологу. Некоторые взрослые, а особенно дети, боятся даже стоматологического оборудования; специфических звуков, производимых бормашиной и турбинной установкой; а также специфического «жженого» запаха.