Родителей маленького Гарри Поттера убивает Волан-де-Морт, после чего исчезает при попытке убить самого Гарри. Поздно вечером директор школы волшебства Хогвартс Альбус Дамблдор и его заместитель Минерва Макгонагаллпоявляются возле дома Вернона и Петуньи Дурсль, единственных родственников Гарри. Лесник Рубеус Хагрид привозит ребёнка, которого оставляют у дяди с тётей, чтобы слава не вскружила ему голову раньше времени. Проходит десять лет. Дурсли относятся к нему неприязненно. С Гарри иногда случаются странные вещи, например, исчезает стекло, а сам он говорит со змеёй. Накануне одиннадцатого дня рождения мальчик получает письмо, которое отнимает дядя Вернон. Дурсли с Гарри уезжают в хижину на острове. В ночь, когда Гарри исполняется одиннадцать, появляется Хагрид и рассказывает ему, что он волшебник и будет учиться в Хогвартсе. Также Гарри впервые узнаёт о родителях. Вместе с Хагридом они покупают всё необходимое для школы. Это происходит после того, как Хагрид по поручению Дамблдора забрал свёрток из хранилища № 713, которое находится в банке «Гринготтс».
Первого сентября от платформы девять и три четверти вокзала Кингс-Кросс Гарри отправляется в Хогвартс. В дороге он знакомится с Роном Уизли, в купе заглядывает Гермиона Грейнджер. Распределяющая шляпа отправляет Гарри, Рона и Гермиону в Гриффиндор. Гарри замечает неприязненное отношение со стороны преподавателя зельеварения Северуса Снегга. После первого урока полёта на метле Поттер становится ловцом сборной факультета по Квиддичу и приносит ей первую победу в соревновании. Из заметки в газете «Ежедневный Пророк» он узнаёт, что кто-то пытался похитить из банка то, что чуть раньше забрал Хагрид. В замке обнаруживается огромная трёхголовая собака, которая охраняет какой-то люк. После того, как Гарри и Рон спасают Гермиону от тролля, они окончательно становятся друзьями. Как-то в разговоре Хагрид проговаривается про Николаса Фламеля, и спустя время ребята узнают, что собака охраняет философский камень, способный превратить любой металл в золото и дающий бессмертие. Также Гарри находит зеркало, показывающее то, чего больше всего хочет человек. Гарри всё больше подозревает, что это Снегг пытается украсть камень. Отбывая наказание в Запретном лесу, Гарри сталкивается с неизвестным, пьющим кровь единорога для поддержания жизни, и со слов кентавра понимает, что Снегг пытается украсть философский камень для Волан-де-Морта.
Оказывается, Хагрид рассказал незнакомцу, как пройти мимо трёхголовой собаки Пушка, которую посадил на люк именно он. В это время 10 минут назад Дамблдор уезжает в Лондон, и Гарри понимает, что Снегг попытается добраться до камня. Поэтому Поттер решает его опередить. Гарри, Рон и Гермиона сталкиваются с дьявольскими силками, летающими ключами и волшебными шахматами. Рон и Гермиона остаются в комнате с шахматами. Гарри идёт дальше, но вместо Снегга обнаруживает Квиринуса Квиррелла, который не может достать камень из зеркала. Оказывается, это Квиррелл служит Волан-де-Морту, а Снегг наоборот пытался спасти Поттера, хоть и ненавидел его отца. На затылке Квиррелла обнаруживается лицо Волан-де-Морта, который безуспешно пытается склонить Гарри на свою сторону, а после приказывает его убить. Но от прикосновений Поттера Квиррелл превращается в пепел и рассыпается. Гарри теряет сознание, а очнувшись уже в больничном крыле, узнаёт, что камень уничтожен. От Волан-де-Морта Гарри защищала любовь пожертвовавшей собой матери. За действия по защите камня ребята получают дополнительные 170 баллов, которые выводят Гриффиндор с последнего места на первое в соревновании факультетов. Ученики разъезжаются на летние каникулы, за время своих первых приключений со своими друзьями, Гарри многое узнал и приобрёл уверенность в себе.