Переход к новому порядку престолонаследия - от отца к сыну - не прошёл мирно. Он сопровождался кровавой 25-летней межкняжеской войной, которая стала основным событием жизни Северо-Восточной Руси второй четверти XVвека. После смерти Дмитрия Донского на престол вступил его сын Василий I (1389-1425). Согласно воле Дмитрия, его второй сын Юрий должен был наследовать московский престол после Василия I. Василий следовал тактике своего прадеда Ивана I Калиты: подчинялся Орде и использовал её мощь для расширения границ Московского княжества.
В 1408 году Василий I отказался выплатить дань Орде. Хан Едигей пошёл на Москву. Город выдержал осаду, но все окрестности были выжжены. Выплата дани возобновилась.
Своим преемником Василий I назвал 10-летнего сына Василия. Однако Василию II пришлось отстаивать своё право на московский престол. Сначала ему противостоял дядя Юрий Дмитриевич. Он дважды (1433 и 1434) занимал Москву, но в первый раз от него убежали почти все московские бояре и служивые люди, а во второй раз укрепиться на великом княжении Юрию помешала смерть. Сыновья Юрия - Василий Косой и Дмитрий Шемяка - поочерёдно продолжили борьбу за Москву, не обращая внимания на бесспорное родовое старшинство Василия II. Престол несколько раз переходил от одного претендента к другому.
Междоусобие сопровождалось разорением княжества московскими же полками и татарами, вовлечёнными в конфликт. Современники удивлялись жестокости борьбы. После поражения в битве в 1436 году Василий Косой был ослеплён по приказу великого князя. Однако вскоре удача отвернулась от Василия II. В 1445 году во время сражения с войсками хана Улу-Мухаммеда великий князь был ранен и попал в плен к татарам. Власть в Москве захватил Дмитрий Шемяка. Однако вскоре Василий II договорился о своём освобождении: за него ордынцы получили огромный выкуп. Но освободившийся от татар Василий был схвачен людьми Шемяки и ослеплён (за это его прозвали Тёмный). По традициям того времени слепой обычно отправлялся в монастырь, но Василий II продолжил борьбу. Война закончилась в 1453 году, когда Дмитрий Шемяка, вероятно, был отравлен поваром по поручению Василия II.