Модель выпускалась до 1996 года, после чего была полностью снята с производства. В 1994 году в роли преемника была представлена новая модель BMW R1100R, которая кардинально отличалась от BMW R100R. Помимо нового инжекторного двигателя (Oilhead), обновленная модель отличалась наличием передней подвески Telelever, новой тормозной системой с ABS и композитной рамой, несущим элементом которой был сам двигатель. Всего было произведено и продано 20 589 мотоциклов BMW R100R. В настоящее время модель BMW R100R является крайне редкой в РФ, хотя в некотором количестве встречается на японских аукционах. Как и многие ретро-модели BMW, покупается в основном под создание кастом-проектов.