Раньше, в те времена, когда знаний о внутреннем строении вещества было маловато, никаких различий между молекулами не замечали. Молекула была молекулой, в понимании мельчайшей частицы вещества.
Но сейчас уже есть хорошее понимание того, что дело в общем-то обстоит не совсем так.
Есть молекулы, про которые можно сказать, что они являются и физическими и химическими. Например, к такому виду можно отнести молекулы углекислого газа, бензола, аммиака, ацетона. Обратите внимание на то, что почти все они - органические вещества (кроме аммиака). В таких веществах атомы внутри молекулы сильно связаны между собой. При растворении, испарении, плавлении молекулы таких веществ не распадаются. То есть их можно рассматривать как мельчайшие частички - это и есть физическая молекула, с другой стороны, они вступают в химические реакции, следовательно - это и химические молекулы.
Но для большинства неорганических веществ о молекулах можно говорить только лишь с химических позиций. Так, например, если взять поваренную соль, или соду, то молекул у них в виде частиц (физических ) не существует. При растворении в воде, их молекулы распадаются на части - ионы.
А вот сахар (глюкоза) - другое дело. Это органическое вещество. Поэтому в в сладкой воде движутся молекулы сахара, а вот в соленой воде, молекул натрия хлорида при всем желании увидеть не удастся. В растворе поваренная соль будет существовать в виде ионов.
То есть строго говоря, молекула здесь уже не частичка, поэтому рассматривать ее с точки зрения физики (говорить о физической молекуле) не корректно. Но химические реакции будут происходить, значит имеет смысл называть такую молекулу химической.