Асли тарихи 15 асрнинг урталарига бориб такаладиган ниндзялар олдинига факат елланма котиллар сифатида ном чикаришган. Кейинчалик эса императорнинг ва амалдорларнинг махсус махфий айгокчилари ва сирли улимлар ташкил киладиган шунингдек турли хил жирканч вазифаларни бажарадиган елланма аскарларга айланишган. 1603 йига келиб Япониядаги Сегуннинг асосчиларидан бири Тукогава кунчикар мамлакатдаги ниндзяларни узига душман санаб уларнинг барча яширин кароргохларини йук килишга буйрук беради. Орадан бир йил утиб аникроги 1604 йилда японияда ниндзялар сон жихатдан жуда кайиб кетади. Токугаванинг хукмронлиги уз поенига етгандан сунг эса Японияда махсус ниндзялар мактаблари шакллана бошлаган. Ушбу мактабларда булажак ниндзяларга тез фурсатда душманни йук киладиган махсус куроллардан кай тарзда фойдаланиш кераклиги хакида таълим беришган. Япониянинг фахр ифтихори ва тарихининг бир булаги саналган Катана киличлари ниндзяларнинг энг биринчи ва доимиз химоячиси саналган. Ниндзялар одатда энг тажриб