Ян родился 12 мая 1739 года в местечке Неханице в Богемии, яркая природа и богатая история которой увлекательно описываются в романе Жорж Санд "Консуэло", а всемирно известное богемское стекло тоже производится именно здесь. Появился на свет будущий известный музыкант в чешской крестьянской семье. Основы музыкальной грамоты Ванхаль получил от сельского музыканта. Однако и столь скромное начало, попав на почву врожденного таланта, позволил юному Яну получить работу провинциального органиста и хормейстера. Продолжением своего музыкального образования молодой Ян обязан местной графине Шафготш - очарованная его скрипичной игрой, в 1760 графиня Шафготш привезла Ванхаля в Вену и организовала для него уроки композиции у самого Карла Диттерса фон Диттерсдорфа. Дальнейшее шефство графини позволило молодому музыканту путешествовать и совершенствовать свои знания в области музыки. До конца жизни Ян Ванхаль работал в Вене, был знаком с Моцартом и Гайдном, выступал вместе с ними. Гайдн дирижир