Прибывшие на землю майя миссионеры занимались не только описанием быта, их религии и культуры и прочих особенностях быта, но и изучали их язык, оказав тем самым нам неоценимую услугу. Благодаря составленным ими словарям, переведённым книгам, переписанным записям, дешифровка языка майя стала реальной.
О разрушениях на Юкатане писал миссионер Диего Лопес де Когольюдо. Он в подробностях описывает последствия деяний своего предшественника, де Ланда. Но главная его заслуга — написания месяцев и дней майячкого календаря на юкатекском языке, которые он смог передать своим предкам.
Существует единственный в мире труд под названием «Пополь-Вух, или Книга Народа», автором которого является Франсиско Хименес. Он написал эту книгу на рубеже 18 века, она стала бесценным ключом к пониманию космологии и религии цивилизации майя.
Заброшенные места постепенно поглощали джунгли, величественные дворцы осыпались, превращаясь в обычные камни и песок. Историю великой цивилизации на несколько столетий забыли, оставив все доказательства жизни майя пылиться в библиотеках и частных музеях.
Во время правления Филиппа II происходило небывалое насильственное отрицание истории, доходившее до абсурда. Были запрещены все материалы, артефакты, трофеи, привезённые с захваченных земель, не дозволялись какие-либо публикации документов, касающихся новых завоёванных территорий. Вся история уничтожалась.
Филипп II узнав о существовании огромной коллекции, состоящей из отчетов о порабощенных землях, трофеях, предметов быта и прочих свидетельств иной жизни майя и ацтеков, приказал собрать все экспонаты и книги и выслать их Совету по Индиям для дальнейшего изучения. Разумеется, после их досконального исследования Филипп запретил переводить труды на какие-либо иные языки.
Такое масштабное уничтожение истории и культуры значительно усложнило и замедлило изучение цивилизации ацтеков и майя.