В Смоленске жил благочестивый юноша Меркурий, «цветый преподобным житием», «постом и молитвою сияя, яко звезда бо-гоявленна посреде всего мира». Он часто приходил в Крестовоздви-женский монастырь молиться за мир. В ту пору «злочестивый царь» Батый пленил Русскую землю и пошёл с великою ратью к Смоленску, остановившись в тридцати верстах от города, пожирая церкви и побивая христиан. Смольняне пребывали в великой скорби, молясь в соборной церкви о спасении города. И в это время было «некое смотрение божие ко гражаном». В Печерском монастыре, стоявшем за городом, явилась богородица пономарю (сравни сходный эпизод явления богородицы пономарю в житии Алексея человека божия) и велела ему позвать к себе Меркурия. Явившемуся на зов Меркурию богородица повелевает отомстить за христиан и победить злочестивого Батыя и всё войско его. Тут же она говорит ему, что после победы Меркурия к нему подойдёт человек «красен лицем», которому Меркурий должен отдать всё своё оружие, и этот человек отсечёт ему голову. Взяв в руки свою голову, Меркурий должен направиться в свой город, и там он примет кончину, а тело его будет положено в церкви богородицы.
Услышав эти слова, Меркурий затужил и заплакал. Он, окаянный и непотребный, не имеет силы на такое трудное дело, и неужели, спрашивает юноша, у богородицы нет небесной силы, которая могла бы победить злочестивого царя? Но он не ослушивается богородицы, берёт у неё благословение и, выйдя из церкви в полном вооружении и сев на стоявшего поблизости «прехрабра» коня, идёт против Батыя и побеждает его, скача по полкам, «яко орел по воздуху летая»; Батый же, одержимый страхом и ужасом, отходит от города и, придя в Венгрию, там погибает.
Как сказала богородица, перед Меркурием предстаёт после этого «прекрасен воин», которому Меркурий, поклонившись, отдаёт своё оружие, и тот отсекает ему голову. Обезглавленный Меркурий приходит к Мологинским воротам города, в одной руке неся свою голову, а другой рукой ведя коня. Некая девица, видя его без головы, стала «нелепо бранити его», он же лёг у ворот и умер, а конь стал невидимым. Смоленский архиепископ с крестами и со множеством народа пришёл, чтобы взять тело Меркурия, но оно не давалось пришедшим и так и лежало непогребённым три дня. На четвёртый день архиепископ, всю ночь пребывавший без сна в молитве о том, чтобы бог открыл ему эту тайну, через оконце увидел, что богородица с архистратигами Михаилом и Гавриилом «в вели-цей светлости, аки в солнечной зари», вышла из церкви и, дойдя до того места, где лежал Меркурий, взяла его тело в свою полу, принесла его в соборную церковь и положила в гроб, в котором тело Меркурия лежит и доныне, творя чудеса и благоухая, как кипари